تسببت الرقابة المالية على المجلس القومي لحقوق الانسان في رفض اعضائه وجودها والسبب في ذلك هو أن المجلس القومي لحقوق الانسان يخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات مشيرين أن الجهاز المركزي للمحاسبات جهاز مستقل وذلك جعل المجلس من الناحية المالية تحت رقابة وحساب. وفي نفس السياق أكد عبد الغفار شكر، نائب رئيس المجلس القومي لحقوق الإنسان، أن وجود رقيب مالي على المجلس لا يتوافق مع قانون المجلس الجديد طبقا لمعايير باريس.وأضاف عبد الغفار شكر أن أول فقرة في قانون المجلس الجديد تنص على استقلالية المجلس ماليا وماديا وفنيا، موضحا أن ما حدث كان عكس ذلك لأن وزارة المالية تطبق على المجلس قرار الشمول المالي وعينت مديرة حسابات داخل المجلس لكي تشرف على الجانب المالي.وأكد شكر أن رئيس المجلس محمد فايق قدم طلب لوزير المالية برفض هذا التدخل وذك حتى لا يتعارض مع قانون المجلس وإلا سيصبح المجلس مثله مثل أي كيان غير مستقل بالدولة وبالتي سيفقد دوره.وتابع حافظ أبو سعدة ،عضو المجلس القومي لحقوق الإنسان ورئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، إن المجلس يعتبر جهة مستقلة، موضحا أن وزارة المالية تعد وزارة المالية سلطة تنفيذية لكن البعض يصور ذلك بأن الحكومة هي التي تتحكم في أعمال المجلس عن طريق وجود مراقب مالي. وأكد أبو سعدة، أن الميزانية فيها أبواب تصرف على المجلس مثل موازنة الدولة، موضحا أن المصاريف تتمثل في الصيانة والمرتبات والمباني، حيث إن المجلس يقوم حاليا بإنشاء مقر جديد. وأضاف أنه طبقًا لبنود الموازنة لا يمكن تغييرها إلا بموافقة من مجلس الأمناء، وبالتالي الموازنة تعتمد من الحكومة ومجلس النواب، حيث إن وجود مراقب مالي مخالف لقواعد باريس وقواعد المجلس ذاته.بينا قال عضو المجلس القومي لحقوق الإنسان محمد عبد العزيز، إن المجلس يخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبة، وذلك من أجل المحافظة على استقلاليته وفقا لما جاء في معايير باريس. وأكد عبد العزيز أن وجود مراقب مالي في المجلس القومي لحقوق الإنسان فهذا يضعف من دوره ويضر من موقفه خارجيا، خاصة أن المجلس حافظ على تصنيفه عالميا طيلة الفترة السابقة.يذكر أن الدكتور محمد معيط، وزير المالية، أكد أن المجلس القومي لحقوق الإنسان رفض وجود مراقب مالي، وقال إنه رغم موقف المجلس فإنه أصر على وجود المراقب حتى لا يكون هناك استثناءات.