لفت تقرير ديوان المحاسبة إلى أن من أبرز مخالفات جهاز المراقبين الماليين عدم إنشاء مكتب للتفتيش والتدقيق ومكتب لاستقبال شكاوى المواطنين في الهيكل التنظيمي للجهاز.وأشار «المحاسبة» إلى أن «المراقبين الماليين» خالف في هذا الشأن قرار مجلس الوزراء رقم (283) لسنة 2011 الصادر في شأن إنشاء مكتب للتفتيش والتدقيق في الجهات الحكومية  كافة للإشراف والمتابعة على جميع الأعمال المتعلقة بالشؤون المالية والإدارية.وفي هذا الصدد، أفاد «المراقبين الماليين» بأن المكتب الفني الذي يتبع رئيس الجهاز مباشرة والمنشأ بموجب القانون رقم (23) لسنة 2015 كقانون خاص يحقق الغرض ويحول دون التوسع غير المبرر في الهيكل التنظيمي للجهاز، ولا يوجد ما يمنع بأن يعمل الجهاز على معالجة الموضوع من الناحية القانونية مع الجهات المختصة، أو بإضافة اختصاص «استقبال شكاوى المواطنين» للمكتب الفني.إلا أن الديوان أوجب التزام الجهاز بإنشاء وحدة تنظيمية بمسمى مكتب التفتيش والتدقيق وممارسة الاختصاصات التي وردت على سبيل الحصر، تنفيذاً لقرار مجلس الوزراء حيث تعتبر الجهة المختصة الوحيدة المنظمة لهذا الموضوع، أما بالنسبة للمكتب الفني واختصاصاته، فقد أفاد الديوان بأنه ليس له علاقة بما تضمنه قرار مجلس الوزراء من إنشاء المكتب.وفي سياق آخر، لحظ الديوان على جهاز المراقبين الماليين عدم الالتزام بتفعيل نظام البصمة كاثبات وحيد للحضور والانصراف بالمخالفة لقرار مجلس الخدمة المدنية رقم (41 ) لسنة 2006 في شأن قواعد وأحكام وضوابط العمل الرسمي.كما أكد الديوان وجوب إثبات حضور وانصراف موظفي الجهاز عن طريق البصمة للتأكد من الالتزام بمواعيد الدوام الرسمية المقررة، لحين الانتهاء من فترة التجربة للأنظمة الجديدة، والحصول على الموافقة والاعتماد من قبل الجهات المختصة.