بدأت نيابة حوادث جنوب القاهرة، برئاسة المستشار مصطفى بركات، وإشراف المستشار سمير حسن المحامى العام لنيابات جنوب القاهرة، تحقيقاتها الموسعة بسجن طرة، بناء على إخطار نيابة أمن الدولة بالتحقيق في شكوى أهالي المتهمين فى القضية المعروفة إعلاميا بـ "التخابر مع حماس" لهم بسجن شديد الحراسة، عن عدم وجود زيارات لذويهم.وأمرت النيابة بالاستعلام عن الشكوى والتأكد من صحتها، وتشكيل لجنة لزيارة السجن والتقابل مع المتهمين، كما بدأت التحقيق مع مسئولي السجن، حول عدم تنفيذ قرار محكمة الجنايات بالموافقة على زيارة أهالي المتهمين لهم داخل السجن خلال الزيارات المصرح لهم بها.وكانت نيابة أمن الدولة قدمت كتابا لمحكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى، وعضوية المستشارين عصام أبو العلا وحسن السايس وحضور الياس أمام رئيس نيابة أمن الدولة وسكرتارية حمدى الشناوى، بتكليف نيابة جنوب القاهرة الكلية، والذي يتضمن أنه نفاذا لقرار المحكمة يطلب إجراء التحقيق بسبب عدم تنفيذ زيارة أهالي المتهمين لهم بسجن شديد الحراسة.وكانت محكمة النقض فى وقت سابق قد قضت بإلغاء أحكام الإعدام والمؤبد بحق الرئيس المعزول محمد مرسى و21 آخرين وقررت إعادة المحكمة في قضية "التخابر مع حماس".وأصدرت محكمة جنايات القاهرة في 16 يونيو 2015 حكمًا بإعدام خيرت الشاطر ومحمد البلتاجى، وأحمد عبد العاطى بينما عاقبت بالسجن المؤبد محمد مرسى ومحمد بديع و16 آخرين والسجن 7 سنوات للمتهمين محمد رفاعة الطهطاوى، وأسعد الشيخة.