بعد أربعة أشهر فقط من ثورة إيران في 1979، اتخذ زعيم الثورة آية الله الخميني الخطوة الأولى لإنشاء «محكمة دينية خاصة» للتعامل مع الذين سماهم «رجال الدين الفاسدين»، وقال إن المحكمة لم تكن موجودة للدفاع عن رجال الدين، بدلا من ذلك بل «للدفاع عن الإسلام». ورجال الدين الفاسدين هم الذين لم يخضعوا لعقيدة النظام السياسي المنشأة حديثا، وكان هناك دائما معارضون بين صفوف رجال الدين الإيرانيين خلال الأربعين عاما الماضية، ولكن كان من الصعب إظهار أي انحراف عن خط النظام الصارم، حيث كان من المتوقع أن يكون الرد قاسيا، وذلك بحسب موقع إذاعة فاردا. الخوف كان على رجل الدين أن يطيع المرشد الأعلى، وأن يكون مناهضا للعلمانية وللغرب، والخوف من العقاب العنيف على العصيان أدى إلى السرية التي أخفت المشاعر والفكر المستقل في صفوف رجال الدين، والتي تعمل على أساس الطاعة العمياء. كما يفسر الخوف سبب عدم وجود صورة واضحة لما يعتقده كثير من رجال الدين. من ناحية أخرى، ليس كل من يعاقبون هم منشقون، وعلى الرغم من أن الحكومة التي جاءت إلى السلطة بعد ثورة 1979 كانت جمهورية يحكمها رجال الدين، إلا أن بعض رجال الدين الذين لم يكونوا راضين عن تغيير النظام تعرضوا للهجوم من قبل القادة الجدد بسبب صلاتهم مع النظام السابق. البداية في مارس 1980، اشتكى رجل الدين البارز آية الله طباطبائي، خلال اجتماع مع الخميني قائلا «القضاة غير الأكفاء أساءوا لرجال الدين الأبرياء، وألحقوا الأذى بالإسلام باسمك وباسم الإسلام»، ومن ثم تأسست المحكمة الدينية الخاصة في 1990، بعد عام من وفاة الخميني. والقانون الذي أدى إلى إنشاء المحكمة ينص على أن «أولئك الذين ليسوا مؤهلين لارتداء العباءة الدينية، يجب إدانتهم ليتم إهمالهم». رجال دين استخدم العقاب لتشويه سمعتهم سيد عبدالرضا حجازي أعدم في 1983 واحد من أشهر الدعاة في طهران في السبعينات، في وقت الثورة كان مساعدا مقربا من رجل الدين المنشق آية الله كاظم، وبعد وقت قصير من الثورة، والغريب في الأمر اعتقدت شرطة الشاه السرية أنه ثوري يدعم الخميني. علي أكبر هيكميزاده توفي في 1987 مؤلف كتاب «الأسرار الألفية»، وطرح أسئلة أجاب عليها آية الله الخميني في كتابه «الحكومة الإسلامية». بعد الثورة عطلته سلطات الجمهورية الإسلامية تحت ضغط رجال الدين المتعصبين. حسن يوسفي إشكوري يعيش في ألمانيا اعتقل في 2000 بعد مشاركته في مؤتمر حول حقوق الإنسان في برلين، إلى جانب مشاركين آخرين في الحدث. وحوكم أمام المحكمة الخاصة لرجال الدين في طهران، وسجن لخمس سنوات بدلا من عقوبة الإعدام بسبب ضغوط دولية. علي أفساحي رجل دين شاب ومحرر نشر حول السينما والرياضة، سجن لأربعة أشهر بتهمة «إهانة القديسين ورجال الدين» في أعقاب خطاب ألقاه في مركز بوشهر السينمائي في عام 2000. سيد محمد ميرشحفالاد عفي عنه في 2003 طالب ورجل دين في «مشهد»، حكم عليه بالسجن لـ 20 شهرا، و30 جلدة بتهمة «إهانة مسؤولي الدولة والترويج ضد الدولة». هادي قابيل عفي عنه في 2007 رجل دين ألقي القبض عليه في 2007 بتهمة الوقوف ضد النظام، ووفقا لمحاميه رفضت المحكمة الدينية التماسه، وحكمت عليه بالسجن لـ 40 شهرا وغرامة 500 ألف ريال إيراني، بتهمة «تقويض هيبة رجال الدين» وقضى 22 شهرا في السجن. ماجد جعفري طبر محكوم بالإعدام حكم عليه بتهمة الفساد المالي بعد أن كرس أتباعه، وزعم أنه على اتصال بالإمام الخفي. بعد إدانته، نشرت صورة تظهره بجانب ابن خامنئي والرئيس حسن روحاني. سيد حسين كاظميني محكوم عليه بالسجن 10 سنوات رجل دين عارض علانية تدخل الدين في السياسة، حاكمته المحكمة في سبتمبر 2007 بتهمة «محاربة الله» و»التكاثر ضد النظام». أحمد منتظري عقوبته متوقفة لـ 3 سنوات حكم عليه بالسجن 21 عاما ثم 6 سنوات في 2016 لنشره شريطا كشف والده فيه أسرارا عن جرائم القتل الجماعي في السجون الإيرانية في الثمانينات. كما حكم بالاضطهاد. محمد نيكونام محكوم بالسجن 5 سنوات والجلد مدرس بالجامعات، ألقي القبض على نيكونام للمرة الأولى في 2014 بتهمة إهانة رجل الدين البارز المتشدد ناصر شيرازي. وفي 2016 سجن مجددا بسبب كتابته مقالة في إحدى الصحف. حسن أغميري حكم بالسجن لعامين وأوقفت محكوميته ناشط في الإعلام الاجتماعي يلقب بـ «رجل برقية»، يتابعه نحو مليون شخص على تليجرام، و200 ألف على انستقرام، وحظي بشعبية كبيرة لخطاباته الخطيرة. اتهم في 2019 «بتقويض مكانة رجال الدين وإهانة المقدسات».