خاطب المجلس الأعلى للجامعات، الدكتورة نهال الشاعر، رئيس الإدارة المركزية للمؤسسات العلاجية غير الحكومية والتراخيص، بشأن الوضع القانوني لمستشفى الدكتورة سعاد كفافي، بعد حالة الجدل المثارة حوله وقرار وزارة الصحة بغلقه لمخالفة التراخيص.وأوضح المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية مناقشته لموضوع المستشفى في جلسته رقم 6 المنعقدة بتاريخ 7 فبراير 2019، وقرر أن مستشفى سعاد كفافي الجامعي، هي مستشفى جامعي خاص يتبع كلية طب جامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا، وهي جامعة خاصة.يشار إلى أن وزارة الصحة قررت إغلاق المستشفى بحجة عدم وجود تراخيص لها، وتدخل عدد من أعضاء مجلس النواب الرافضين للقرار، كما قررت الوزارة استفتاء رأي المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية.كما أوصت لجنة الصحة بمجلس النواب بإلغاء قرار الإغلاق لحين توفيق الأوضاع خلال ستة أشهر والتمسك بنصوص قانون ١٩ لسنة ٢٠١٧ المادة الرابعة بأن تكون جهة الإشراف الأكاديمي والعلمي والبحثي هي وزارة التعليم العالي والترخيص المكاني لوزارة الصحة بعد استيفاء الأوراق تحت مسمى "مستشفى سعاد كفافي الجامعي" التابع لجامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا - جامعة خاصة، ما لم يحكم القضاء بغير ذلك.وأكدت اللجنة أن قرار الإغلاق للمستشفى ليس له أية أسباب تتعلق بمخالفات فنية أو تقنية أو علاجية، وإنما جاء لاختلاف وجهات النظر على جهة الترخيص المكاني بين وزارتي الصحة ووزارة التعليم العالي.