رئيس المجلس العسكري الانتقالي السوداني الجديد، هو المفتش العام للقوات المسلحة، الفريق أول ركن عبد الفتاح البرهان، الذي عينه البشير، نهاية فبراير العام الماضي، ضمن تغييرات عسكرية واسعة داخل صفوف القوات المسلحة.وهو قائد القوات البرية السابق، والمشرف على القوات السودانية في اليمن، المشاركة في التحالف العربي لدعم الشرعية بها، أصدر الرئيس البشير قراراً بتعيينه وترقيته إلى من رتبة الفريق الركن عبد الفتاح البرهان عبد الرحمن البرهان إلى رتبة الفريق أول، وعينه مفتشاً عاماً للقوات المسلحة، في 27 فبراير 2018، وعاش البرهان أكثر حياته مؤخراً متنقلاً ما بين دولتي "اليمن، والإمارات"، وأكثر ما يميزه عن بقية رجال البشير إنه غير مطلوب على ذمة أية قضايا من قبل المحكمة الجنائية الدولية، كبقية رجال البشير.وكان وزير الدفاع السوداني أعلن، رئيس المجلس الانتقالي العسكري، عوض بن عوف، استقالته عن منصبه، وتولي المفتش العام للقوات المسلحة، الفريق أول عبد الفتاح البرهان، خلفاً له، كما أعلن بن عوف، استقالة نائبه الفريق كمال عبد المعروف الماحي، وذلك في بيانً رسمي بثه التلفزيون السوداني.