أثبتت دراسة حديثة المقولة الشائعة إن شرب القهوة صباحاً ينشط الحركة الطبيعية للأمعاء، ويمنع الإمساك، كما وجدت أن القهوة عامل لتحسين التركيبة الميكروبية التي تعيش بها.أعطيت مجموعة من الفئران القهوة لمدة 3 أيام وبعدها تم فحص بكتيريا الأمعاء بالمختبر لمعرفة مدى تأثير القهوة فيها، ووجد أن مقدرات عضلات الأمعاء الدقيقة على التقلص أصبحت أفضل، وأشاروا إلى أن التأثير لم يكن ناتجاً عن الكافيين، وأن القهوة الخالية منه لها تأثير مشابه، وعندما قاموا بتجربة أخرى وجدوا من خلالها أن مادة بالقهوة لها تأثير البريبيوتيك، لكونها تحفز نمو البكتيريا النافعة.ويرى الباحثون أن تحفيز القهوة للعضلات الملساء للأمعاء وتحسين حركتها يمكن أن يحل مشكلة كسل الأمعاء الذي يتعرض له من يخضعون للعمليات الجراحية.