شملت الهيكلة الإدارية الجديدة للرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي أكثر من (15) إدارة تهتم بالأمن الفكري، والوسطية والاعتدال،  والأبحاث والدراسات الشرعية، والشؤون العلمية والثقافية، والبحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي، جاء ذلك بعد استحداث وكالة جديدة تحت مسمى “وكالة الشؤون العلمية والفكرية”، يرأسها فضيلة الدكتور ناصر بن عثمان الزهراني، ووضع وكيلًا مساعدًا للوكالة فضيلة الشيخ عبدالرحمن بن سعد الشهري. وتضم “وكالة الشؤون العلمية والفكرية” الإدارة العامة لشؤون المكتبات، والإدارة العامة للمطبوعات والنشر، والإدارة العامة للأبحاث والدراسات الشرعية، والإدارة العامة للأمن الفكري والوسطية والاعتدال والتي تشرف على خمس إدارات هي ( إدارة الحوار، والوسطية والاعتدال، والتوعية الفكرية، والأمن الفكري، ومواجهة الانحرافات الفكرية)، فيما تضم الإدارة العامة للشؤون العلمية والثقافية سبع إدارات هي ( معهد الحرم المكي الشريف، وكلية الحرم المكي الشريف، ومكتبة المسجد الحرام، ومكتبة الحرم المكي الشريف، وإدارة علاقات مكتبة الحرم المكي الشريف، والإدارة العامة، وإدارة الثقافة)، أما الإدارة العامة لمركز البحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي تابع لها وحدة التميز البحثي. جاء هذا التطوير لتعزيز رسالة الحرمين الشريفين تجاه منهج الوسطية والاعتدال وفق ما جاء في الكتاب الكريم والسنة النبوية، وسعيا لتحقيق ما تسعى له حكومة خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبدالعزيز -حفظه الله- في نشر الأمن الفكري والوسطية والاعتدال بين المسلمين ومحاربة الإرهاب والتطرف، والطوائف التي تسعى إلى مخالفة المسلمين وشق صفوفهم . وتولي “وكالة الشؤون العلمية والفكرية” البحث العلمي اهتمامًا بالغًا خاصة الأبحاث والدراسات الشرعية ذات العلاقة بالحج والعمرة والمسجد الحرام والمسجد النبوي، والأبحاث العلمية المهتمة بالتراث الإسلامي لتعزيز الهوية الإسلامية والمحافظة على المكتسبات التاريخية، وذلك من خلال الإدارة العامة للأبحاث والدراسات الشرعية والتي تتولى الإشراف على إدارة الكراسي البحثية وإدارة الأبحاث الشرعية. الجدير بالذكر أن الرئاسة العامة ممثله في إدارة الأمن الفكري اصدرت عدة اصدارات منها : تيسير الوهاب في علاج ظاهرة الإرهاب على ضوء السنة والكتاب، وبلوغ الآمال في تحقيق الوسطية والاعتدال، وسلسلة توجيهات من الحرمين الشريفين تحتوي على قضايا الأمن الفكري من منبر الحرم المكي “مجموعة خطب لأئمة وخطباء المسجد الحرام”، وكتاب فتح الغفار في فن الحوار، وسلسلة الإصدارات العلمية “الأمن الفكري وأثر الشريعة الإسلامية في تعزيزه” تأليف معالي الشيخ الاستاذ الدكتور عبد الرحمن بن عبد العزيز السديس، وتقوم بتوزيعها على الحجاج والمعتمرين. الجدير بالذكر أن الرئاسة قامت بتوزيع ما يزيد عن (٢٠) ألف إصدار خلال موسم الحج للعام الماضي 1440هـ.