تواجه قلعة قايتباي خطر التغيرات المناخية، وهو ما قد ينذر بتعرّضها للهدم. وتعمل الحكومة المصرية على إقامة حواجز خرسانية في البحر المتوسط لحماية مدينة الإسكندرية من تأثيرات التغيرات المناخية. قال المهندس بالهيئة المصرية لحماية الشواطئ أحمد فتحي، إن المياه وصلت العام قبل الماضي إلى القلعة، مشيرة إلى أنه إذا لم  تكن هناك حماية سريعة الفترة المقبلة، سيؤدي ذلك في النهاية إلى انهيار الصخرة المقام عليها قايتباي، وبالتالي انهيار القلعة. وخصصت السلطات أكثر من 120 مليون دولار للحواجز وبعض الإجراءات الوقائية الأخرى على طول الساحل. وقال رئيس الهيئة المصرية لحماية الشواطئ عاشور عبد الكريم، إن الحواجز موجودة على حجارة متدرجة، وتعمل على تكسير الأمواج قبل وصولها للشاطئ.