تختص وحدة شكاوى الاستثمار بهيئة النيابة الإدارية، بالفحص والتحقيق في الشكاوى التي يقدمها المستثمرون ضد المختصين بالجهات الإدارية، وبتطبيق أحكام قانون ضمانات وحوافز الاستثمار، وحدد قانون النيابة الإدارية، المضافة بالقانون رقم 12 لسنة 1989، مجموعة من الاختصاصات والمهام لوحدة قضايا الاستثمار التى تتولاها النيابة الإدارية.تقوم الوحدة بالتحقيق في بلاغات الجهات الرقابية والجهات الإدارية بشأن الوقائع التى تمس مناخ الاستثمار، والتحقيق في وقائع الامتناع أو التقاعس عن تنفيذ الأحكام الصادرة من المحاكم المصرية في الدعاوى ذات الطابع الاستثمارى، ومتابعة قرارات اللجنة الوزارية لفض منازعات الاستثمار والتحقيق في الوقائع المتعلقة بالامتناع أو التراخى في تنفيذها، ثم تقوم بعرض نتائج التحقيقات مرفقًا بها مذكرة بالرأى على رئيس هيئة النيابة الإدارية للتصرف.