زحف الاحتطاب الجائر على الغطاء النباتي في المدينة المنورة بمعدلات سريعة، وأسهم في التصحر والتعرية الهوائية والمائية للتربة وتزايد معدلات زحف الرمال. وبينت الدراسات الحديثة حجم التدهور السنوي للغطاء النباتي الشجري على مستوى المملكة نتيجة للاحتطاب حيث يقدر بنحو 3376 هكتارا عام 2002 ومن المتوقع أن يصل إلى نحو 13712 هكتارا بحلول عام 2023، فيما ساهم استخدام التقنيات الحديثة مثل المناشير الآلية واستخدام السيارات الرباعية الدفع في اتساع أضرار الاحتطاب الجائر لهدف تسويق الحطب من خلال أسواق أولية قريبة من مواقع الاحتطاب أو من خلال منافذ تسويقية. وعلى الرغم من ذلك إلا أن منطقة المدينة المنورة ومحافظاتها لا تزال صامدة وتنعم بالعديد من المواقع الطبيعية نتيجة تنوع تضاريسها وجغرافيتها التي تتشكل فيها السهول والهضاب المنخفضة والجبال والأودية والحرات البركانية مما جعلها تزخر بالعديد من أنواع النبات المعمر والنباتات الفصلية التي تنبت عقب مواسم المطر. ومن الأنواع التي تشتهر بها المدينة المنورة رغم وجودها في بعض المناطق إلا أنها ليست بكثافتها بالمدينة المنورة شجرة «السمر» تلك الشجرة الشائكة ومنابتها في المواقع متوسطة الارتفاع وأقل من ذلك الإسناد والحزوم، وبطون الأودية القديمة والسهول الساحلية. والسمر شجرة عرفت بتحملها فترات الجفاف الطويلة، ذات الارتفاع الذي يصل إلى الـ 7 أمتار على ساق واحد أو أكثر تتفرع في الأفق على هيئة دائرية وهي بطيئة النمو جداً. وتفرز هذه الشجرة سائلاً احمر يميل إلى السواد يشبه الدم من ساقها يستخدم علاجاً ومعقما للجروح وإزالة الثآليل، كما يستعمل في تجبير الكسور، وتنبت شجرة السمر أزهارا يتغذى عليها النحل فيجنى منها عسلا مشهوراً يسمونه (عسل السمرة) ويصنف ضمن أفضل أنواع العسل، ويستخدم كثيراً كعلاج لكثير من الأمراض. وتعد أوراق وثمار السمر من المراعي الجيدة للإبل والغنم ويستعمل الناس أعواد السمر في بناء أسقف المنازل، وحطبها وقودا جيدا طويل التوقد قليل الدخان. ومن الأشجار التي تشتهر بها سهول وهضاب وجبال المدينة شجرة «السَلَم» وهي شجرة أشبه بالقصب ذات شوك طوال وحاد، ويتراوح ارتفاعها عن الأرض بين 3-4 أمتار، على سيقان كثيرة تخرج من أصل واحد على نحو دائرة مخروطية الشكل أعوادها نحيلة شبة مستقيمة ملساء لا يزيد قطر أعظمها في الغالب على 12سم يكسوها أحيانا قشور رقيقة صفراء أوراقها ريشية قليلة.