اتهم أمين المجلس الأعلى للأمن القومي الإيراني علي شمخاني الإثنين، اسرائيل ومنظمة «مجاهدي خلق» التي تصنفها الجمهورية الإسلامية «إرهابية»، بالضلوع في اغتيال العالم النووي محسن فخري زاده. وقال شمخاني على هامش مراسم تشييع العالم الذي اغتيل الجمعة قرب طهران، إن العملية «تورط فيها المنافقون»، وهي مفردة يستخدمها المسؤولون الإيرانيون عادة للإشارة إلى «مجاهدي خلق»، إلا أن «العنصر الإجرامي في كل هذا هو النظام الصهيوني والموساد»، في إشارة إلى جهاز الاستخبارات الخارجية للكيان الصهيوني. وقال أيضاً، إن عملية الاغتيال كانت «معقدة» وتمت بأسلوب «جديد بالكامل». وأوضح شمخاني أن الاغتيال الذي نفذ الجمعة قرب طهران، كان عبارة عن «عملية معقدة استخدمت فيها أجهزة الكترونية، ولم يكن ثمة أي شخص في المكان»، مضيفاً «استخدم العدو أسلوباً جديداً بالكامل، واحترافياً».