هناك العديد من الفوائد للزعتر، حيث إنه يحسن من الصحة العامة للإنسان، ونتناول فيما يلي أهم فوائده:1- يعمل على تحفيز أداء الجهاز المناعي ويساعده على مقاومة الأمراض، وذلك لاحتوائه على فيتامين (ج) وفيتامين (أ).2-يعالج الأكزيما: أفادت دراسة أجراها فريق من جامعة أديس أبابا أنه تم شفاء 68% من المصابين بالأكزيما الذين عولجوا باستعمال كريمات تحتوي على 4% من الزعتر، في المقابل تمّ شفاء 30،5% فقط من أولئك الذين عولجوا باستخدام دواء وهمي.3-لاحتوائه على زيوت أساسية، ومادة الثيمول التي تمتلك خصائص مضادة للفطريات، والبكتيريا، والفيروسات، والبعوض،يستخدم الزعتر كمطهر في المنازل من العفن، ويدخل في تركيب المبيدات الحشرية، وغسول الفم، ومزيلات روائح العرق.4-يعمل على تحسين الصحة النفسية والمزاج، لأنه يحتوي على مادة "كارفاكرول "التى تؤثر على نشاط الخلايا العصبيّة المسئولة عن الشعور بالسعادة.5-يعالج الإسهال، والتبول اللاإرادي، وغازات الأمعاء.