حصل الدكتور أحمد زويل على العديد من الجوائز بسبب إسهاماته العلمية في مختلف المجالات، واستطاع زويل كسب احترام الجميع بسبب اختراعاته، وفيما يلي أبرز الجوائز التي حصل عليها زويل:* وسام جوقة الشرف من رتبة فارس (2012)* ميدالية مندل (2012)* قلادة ديفي (2011)* قلادة بريستلي (2011)* الدكتوراة الفخرية من جامعة كمبلوتنسي بمدريد (2008)* جائزة ألبرت أينشتاين العالمية للعلوم (2005)* الدكتوراة الفخرية من جامعة بكين (2004)* عضوية أجنبي في الجمعية الملكية (2001)* قلادة النيل العظمى (1999)* جائزة نوبل في الكيمياء (1999)* وسام بنجامين فرانكلين (1998)* جائزة إرنست أورلاندو لورنس (1998)* جائزة ولش في الكيمياء (1997)* الدكتوراة الفخرية من جامعة لوزان (1997)* جائزة تولمان (1997)* جائزة الأكاديمية الوطنية للعلوم في العلوم الكيميائية (1996)* جائزة وولف في الكيمياء (1993)* جائزة الملك فيصل العالمية في العلوم (1989)* زمالة غوغنهايم (1987)* زمالة الجمعية الأمريكية الفيزيائية (1982)* نيشان الاستحقاق الوطني من رتبة ضابط