تسهم المرحلة الثانية لمشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية في الحفاظ على الخصائص التاريخية لمساجد منطقة عسير، ويعمل المشروع على إعادة إعمار مساجد المنطقة وتأهيلها واستعادة هويتها التراثية بكافة تفاصيلها وإعادة تأهيلها وتوظيفها للعبادة ، عبر مجموعة من المراحل. ويعد مسجد الحوزة أحد أبرز المساجد التاريخية التي يستهدف المشروع إعادة تأهيله، لما له من ارتباط بالتاريخ الإسلامي، حيث يُروى أن أول بناء له كان على يد الصحابي الجليل علي بن أبي طالب كرم الله وجهه عندما بعثه النبي صلى الله عليه وسلم لدعوة أهل اليمن للدخول في الإسلام. ويقع مسجد الحوزة التاريخي وسط حي الحوزة التراثي بمحافظة ظهران الجنوب التابعة لمنطقة عسير، فيما خضع المسجد للتوسعة عام 1213هـ عن طريق أهالي القرية، قبل أن تتم توسعته مجدداً في عهد الملك عبدالعزيز -رحمه الله-. وفي شرق قرية المسقي الواقعة جنوب شرق مدينة أبها بنحو 32 كم يستهدف التطوير مسجد المسقي القديم الذي بُني في أول قرن هجري، بين عامي 73-75هـ، وكان تاريخ بنائه موثقاً في لوح معلق عليه، قبل أن يُفقد في أعمال إعادة بناء المسجد في عام 1395هـ، ولمساجد عسير الواقعة على طريق الحج نصيب من المشروع، حيث يمتد التطوير لمسجد الحصن الأسفل، وهو أحد المساجد التي يقصدها سكان القرى المجاورة، والعابرين إلى مكة المكرمة؛ لوجوده على الطريق القديم، وكان أول بناء له عام 1173هـ.