من أهم سبل فهم منهج مذهب الذرية المنطقية ادِّعاء برتراند راسل أن «المنطق هو جوهر الفلسفة»؛ حيث يقصد ﺑ«المنطق» المنطق الرياضي. وتكمن أهميته في أنه يقدِّم وسيلة لإجراء تحليلات قوية وكاشفة فلسفيًّا للأبنية؛ وهي بالتحديد أبنية القضايا والوقائع. تبيَّن بالفعل كيف أن تحليل القضايا يُثبت أنه من الخطأ تناولها كلها على أنها تتخذ صورة مؤلفة من الموضوع والمحمول، وأن القواعد النحوية السطحية مضللة، كأنْ نفهم الأوصاف والأسماء العادية على أنها تعني تعبيرات. ولا بد أيضًا من إجراء تحليل كاشف للأبنية للعالم الذي نتحدث عنه حين نؤكد هذه القضايا، وإجراء تحليل للقضايا نفسها. وفي الفصل المُعنون «المنطق باعتباره جوهر الفلسفة» يصف راسل هذين البناءين المتصلين بادئًا بالبناء الأول. ويقول راسل: إن العالم يتألَّف من أشياء جمة لها صفات وعلاقات جمة. ولن تضم أي قائمة تشمل الموجودات التي يشملها العالم الأشياءَ فقط، بل أيضًا الأشياء التي تحمل هذه الصفات والعلاقات. بعبارة أخرى، من المفترض أن تكون قائمة من الوقائع؛ فالأشياء والصفات والعلاقات هي مكونات الوقائع، ومن الممكن تحليل الوقائع بدورها لتتحول إليها. ويُرمز إلى الوقائع بما يطلِق عليه راسل «القضايا»، وتعريفها أنها «أشكال من الكلمات يُجزَم بأنها صحيحة أو كاذبة.» والقضايا التي ترمز إلى الحقائق الأساسية - بمعنى التي تؤكد أن الشيء يحمل صفة معينة أو يحلُّ محلَّ شيء آخر في علاقة معينة - يُطلِق عليها راسل «القضايا الذرية». وعند الجمع بين هذه القضايا عن طريق كلمات منطقية مثل «و» و«أو» و«إذا … إذنْ»، تأتي النتيجة كقضايا معقدة أو «جُزيئية». ومثل هذه القضايا مهمة للغاية لأن كل احتمالات الاستدلال تتوقف عليها.