خصصتْ مكتبة الحرم المكي الشريف بالرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، مركزاً للعناية بمجموعة من المقتنيات النادرة والثمينة من المخطوطات التي تُعد نواةً لحفظ ونقل العلوم، والمعارف المختلفة، وذلك باسم مركز المخطوطات، إيماناً من المكتبة بأهمية ما تضمّه من مخطوطات ثمينة ونادرة. ويضم المركز آلاف المخطوطات الأصلية والمصورة، وهي: المخطوطات الأصلية: (7849 مخطوطة)، والمخطوطات غير العربية (372 مخطوطة)، ولغات المخطوطات غير العربية وهي:(الأوردية والتركية والفارسية)، والمخطوطات المصورة أكثر من: (2756 مخطوطة)، وفهارس المخطوطات (554 مجلداً)، والمخطوطات الرقمية (31476 مخطوطة رقمية). ويمتاز المركز بضم عدد من النوادر والنفائس، ومنها: أقدم مخطوطة؛ مخطوطة (فوائد البزاز) “الغيلانيات في أجزاء الحديث” لمؤلفه: محمد بن عبدالله بن إبراهيم الشافعي المتوفى سنة 354هـ، وتاريخ نسخه سنة494هـ, والنسخة الوحيدة في العالم من: (مسند الموطأ) لمؤلفه عبدالرحمن بن عبدالله بن محمد الغافقي المتوفى سنة 381هـ، وتاريخ نسخه سنة 693هـ, والنسخة الوحيدة الكاملة في العالم من: (مجمع البحرين في زوائد المعجبين) لمؤلفه نجم علي بن أبي بكر بن سليمان الهيثمي المتوفى سنة 807هـ وتاريخ نسخه سنة 857هـ، ونسخة نادرة من (الفروسية والمناصب الحربية) لمؤلفه نجم الدين حسن الرماح المتوفى سنة780هـ، وتاريخ نسخه في القرن الثامن الهجري. من جهة أخرى قامت مكتبة الحرم المكي الشريف بتحقيق العديد من المخطوطات، ومن أبرزها: مسند الموطأ، وشرح ابن عقيل، ونزهة النظر، وجاري العمل على تحقيق غيرها من العناوين. كما جرى ترميم وتعقيم وتجليد المخطوطات، وهذا من الأعمال الدائمة والمستمرة على المخطوطات، وذلك يعود للحفاظ على المخطوطات وإعطائها عمراً أطول، وضمان عدم تلفها والاستفادة منها لتوفيرها بعد ذلك للباحثين والمهتمين بمجال المخطوطات