في ختام الزيارة التاريخية التي قادته إلى المكسيك، دخل البابا فرنسيس على خط حملة الانتخابات الرئاسية الأميركية معتبرا أن المرشح الأوفر حظا لدى الحزب الجمهوري دونالد ترامب ليس مسيحيا بسبب مواقفه حول الهجرة. الحبر الأعظم ندّد بما أسماه المأساة الإنسانية للهجرة القسرية. البابا فرانسيس نصح النساء المهددات بفيروس زيكا باستخدام وسائل منع الحمل الاصطناعى رافضا اللجوء إلى الإجهاض، في إشارة إلى وجود فرق معنوى واضح بين إجهاض الجنين ومنع الحمل. تجنبوا الحمل الذي لا يمكن اعتباره شرا مطلقا. هناك بعض الحالات، خاصة حالات بولس السادس التي سبق وأن ذكرتها، الأمر واضح، قال الحبر الأعظم. جماعات من الطائفة الكاثوليكية ناشدت البابا فرنسيس من أجل إباحة إجهاض الحوامل لحماية أنفسهن من فيروس زيكا، التي ربطت دراسات عديدة بينه وبين تشوه الأجنة. أبحاث علمية كشفت مؤخرا عن أدلة جديدة تؤكد العلاقة بين انتشار فيروس زيكا وزيادة حالات تشوه المواليد، مشيرة إلى رصد الفيروس في مخ جنين بعيد إجهاض امرأة أوربية حملت أثناء وجودها بالبرازيل. الأبحاث أشارت أن تشريح الجنين أوضح صغر حجم الرأس علاوة على تلف شديد في المخ ومستويات عالية من فيروس زيكا في أنسجة المخ مثل تلك الموجودة في عينات الدم. وينتقل الفيروس عن طريق البعوض ولا يوجد له علاج أو لقاح حتى الآن. وسئل البابا فرانسيس خلال عودته إلى الفاتيكان قادما من المكسيك، حول اعتبار الإجهاض أو تنظيم النسل أهون الشرين عند مواجهة حالات مرتبطة بفيروس زيكا المسبب لعيوب خلقية نادرة كتلك التى واجهتها البرازيل، حيث ولد الأطفال برؤوس صغيرة بشكل غير طبيعي وقد دفعت الزيادة الكبيرة فى الإصابة بهذا الفيروس بعض الحكومات فى أميركا اللاتينية إلى حث النساء على تجنب الحمل وانتشار دعوات لجماعات حقوق الإجهاض لتخفيف القوانين الصارمة لمكافحة الإجهاض فى المنطقة ذات الأغلبية الكاثوليكية.