يعتبر صدام جماعة الإخوان مع القضاء المصري بمثابة الشرارة الأولى التي أدت إلى اندلاع ثورة 30 يونيو عام 2013 وأدت إلى الإطاحة بمحمد مرسي وحكم جماعة الإخوان.   تحدي المحكمة الدستورية العليا بـ "عودة مجلس الشعب" والبداية كانت بعد إسبوع فقط من تسلم الحكم، عندما أصدر محمد مرسي قرار بعودة مجلس الشعب إلى الانعقاد والغاء قرار حله بعد أن قضت المحكمة الدستورية العليا ببطلان انتخاباته في 15 يونيو 2012 بعد لقاء مرسي بوليام بيرنز نائب وزيرة الخارجية الأمريكية واجتماع لمجلس شورى جماعة الاخوان.   مجلس الشعب 2012   حصار الدستورية العليا وتعيين النائب العام  كما أقدم عناصر الإخوان على حصار المحكمة الدستورية العليا فى محاولة رخيصة لمنعها من الانعقاد حتى لا تصدر حكم بحل اللجنة التاسيسية لوضع الدستور، ولم يتمكن مستشاري المحكمة الدستورية العليا من الحضور إلى مقر المحكمة بسبب الحصار الذي فرضه آلاف من المنتمين إلى جماعة "الإخوان"، على مقر المحكمة، الأمر الذى دفع المحكمة وقتها إرجاء النظر في الدعاوى التي تطالب ببطلان مجلس الشورى، والجمعية التأسيسية للدستور آنذاك.   حصار الدستورية العليا وحاول الإخوان خلال حكم "المعزول" فرض اجندتهم على القضاء من خلال  تعيين نائب عام بدلا من النائب العام عبد المجيد محمود، وسمى وقتها "النائب الخاص".   قانون جديد من الإخوان.. والهدف عزل نحو 3500 قاض كما عمل الإخوان على سن قانون جديد للسلطة القضائية ينص على خفض سن تقاعد القضاة من 70 إلى 60 سنة، ما يؤدي إلى عزل نحو 3500 قاض، بهدف استبدالهم بعناصر أخرى إخوانية أو ذات ميول إخوانية جديدة.   الإعلان الدستوري المكمل.. تنكيل بالسلطة القضائية وفي 22 نوفمبر 2012 أصدر محمد مرسي  إعلانا دستوريا مكملًا تضمن حزمة من القرارات منها جعل القرارات الرئاسية نهائية غير قابلة للطعن من أي جهة قضائية، منذ توليه الرئاسة حتى إقرار دستور جديد وانتخاب مجلس شعب جديد، إقالة النائب العام المستشار عبد المجيد محمود بالمخالفة للقانون واستبداله بالمستشار طلعت إبراهيم، عدم تمكن أي محكمة من حل مجلس الشورى والجمعية التأسيسية في البلاد التي تضع الدستور.   سياسيون يكشفون أسرار عن ثورة 30 يونيو 2013: "انطلقت من ميدان الحجاز" ماذا لو استمرت جماعة الإخوان في حكم مصر؟.. خبراء يجيبون لـ "الفجر" وبعد تلك القرارات، قال مجلس القضاء الأعلى إن العمل سيعلق في جميع المحاكم والنيابات حتى يتم إلغاء البيان الدستوري غير الدستوري الذي أصدره محمد مرسي، ودخل قضاة محكمة الاستئناف العالي وكذلك المحاكم الابتدائية في إضراب إلى أجل غير مسمى، ووصفت المحكمة الدستورية العليا تلك الفترة، بأنها أحلك أيام القضاء المصري على الإطلاق. بسبب الاعتداء غير المسبوق على استقلالية القضاء قام كلٍ من فاروق جويدة، وسمير مرقص، مستشاري مرسي بتقديم استقالتهما اعتراضًا على الإعلان الدستوري، ورفض المستشار عبد المجيد محمود ترك منصبه متحديًا بذلك القرار الدستوري لأنه يخالف المادة 119 من قانون السلطة القضائية التي لا تجيز عزل النائب العام.