تتأثر الأجنة الناتجة عن طريق الحقن المجهري بنوعية البويضات ونوعية الحيوانات المنوية، فكلما زاد عمر المرأة تكون نسبة النجاح عملية طفل الأنابيب أقل. وجود تشوه في أشكال الحيوانات المنوية يؤثر أيضاً على نجاح العملية. وجود مشكلة في البطانة الداخلية للرحم والتي من المفروض أن تستجيب لهرمونات الجسم وتتهيأ تبعاً لذلك لاستقبال الحمل، ولكن في بعض الأحيان تكون رقيقة بحيث يصعب التصاق الجنين بها.