حدد قانون البيئة أهداف واختصاصات صندوق حماية البيئة، حيث نص على أن الصندوق يهدف إلى تمويل الأنشطة والدراسات والمشروعات البيئية لدعم جهود الدولة في حماية البيئة والثروات الطبيعية، وتحقيق التنمية المستدامة. ويتم ذلك من خلال تمويل المشروعات الرائدة والتجريبية، كما يتولى الصندوق إعداد الدراسات اللازمة للبرامج البيئية، ومراجعة دراسات تقييم الأثر البيئي، والمشاركة في تمويل مشروعات حماية البيئة ومكافحة التلوث، بناءً على الأولويات البيئية التي يحددها مجلس إدارة الصندوق.   ووفقا للقانون، تتكون موارد صندوق حماية البيئة مما يأتى: 1 - المبالغ التى تخصصها الدولة فى موازنتها لدعم الصندوق. 2 - الإعانات والهبات والتبرعات والوصايا التى يقبلها مجلس إدارة الجهاز بما يتفق مع أغراض الصندوق. 3 - عائد المشروعات الرائدة والتجريبية ومقابل إعداد الدراسات والاستشارات التى يمولها الصندوق فى مجال حماية البيئة، وتنفذ من خلال وزارة البيئة والجهات التابعة لها، أو بالمشاركة مع الجهات الحكومية أو قطاع الأعمال العام، أو الهيئات الوطنية والأجنبية، أو الجمعيات الأهلية. 4 - موارد الصندوق المنصوص عليها فى قانون المحميات الطبيعية المشار إليه. 5 - مقابل منح التصاريح بحق الانتفاع أو ممارسة الأنشطة فى نطاق المحميات الطبيعية. 6 - حصيلة رسوم الترخيص بالاشتغال بالأعمال البيئية وشهادات اعتماد الخبراء وبيوت الخبرة. 7 - مقابل المصاريف الإدارية اللازمة لمراجعة دراسات تقويم الأثر البيئى والمعاينات والقياسات بما لا يجاوز مائة ألف جنيه مصرى عن كل دراسة أو معاينة أو قياس، ويصدر بتحديد فئاتها قرار من وزير البيئة بعد موافقة مجلس إدارة الجهاز. 8 - حصيلة رسوم الموافقات والتصاريح البيئية التى يصدرها جهاز شئون البيئة بما فى ذلك الموافقات الخاصة بتداول أو استخدام الفحم بما لا يجاوز 1% من قيمة سعر طن الفحم المستخدم، ويصدر بتحديد فئات هذا الرسم قرار من وزير البيئة بعد موافقة مجلس إدارة الجهاز. 9 - الغرامات التى يحكم بها، والتعويضات التى يتفق عليها أو يحكم بها عن الأضرار التى تصيب البيئة، وتودع فى الصندوق على سبيل الأمانة والمبالغ التى تحصل بصفة مؤقتة تحت حساب الغرامات والتعويضات عن الأضرار التى تصيب البيئة. 10 - عائد استثمار موارد الصندوق طبقًا لما يقرره مجلس إدارته.