ظهرت بوادر الخلاف بين مجلس الشورى والمؤسسة العسكرية الإيرانية التي يهيمن عليها الحرس الثوري بسبب التواجد العسكري الروسي على الأراضي الإيرانية ،وبدأ الخلاف بين الطرفين عندما طالب النائب في المجلس الإيراني حشمت الله فلاحت بيشة، بتخصيص جلسة مغلقة لمناقشة الحضور العسكري الروسي بإيران. وطالب فلاحت بيشة بتحديد ماهية هذا التعاون العسكري المشترك مع روسيا، قائلا: يجب أن نعرف هل إعطاء قاعدة عسكرية إيرانية لروسيا يقوم على أساس التعاون المتبادل بين البلدين حيث إنه هل بإمكان إيران استخدام القواعد العسكرية في روسيا أم لا؟ وهل هناك تدابير أمنية لحماية الأمن القومي الإيراني من هذا التواجد العسكري الروسي في القواعد العسكرية الإيرانية في إيران؟. وردا على مطالبة مجلس الشورى الإيراني بمناقشة التواجد العسكري الروسي بإيران قال العميد حسين دهقان وزير الدفاع الإيراني بأن حضور الروس في قاعدة نوجه الجوية بمدينة همدان لا يحتاج إلى موافقة مجلس الشورى الإيراني ونحن لم نخالف الدستور الإيراني بموافقتنا على وجود القوات الروسية في القاعدة. وتقول ‏المادة 146 من الدستور الإيراني: يحظر إقامة أي قواعد عسكرية أجنبية في إيران حتى وإن كانت لأغراض سلمية أو بصورة موقتة. وانتشرت الصورة التي نشرها النائب في البرلمان الإيراني محمود صادقي بشكل واسع على وسائل التواصل الاجتماعي بإيران وفسرها الإيرانيون على أن النائب صادقي يقول بأن الحرس الثوري الإيراني ينظر إلى نواب الشعب الإيراني كالبهائم ولا يحق لهم التدخل ومناقشة القضايا الهامة والحساسة التي تخص أمن ومصير البلاد. وقالت شبكة توانا الإيرانية إن صورة الماعز التي نشرها أحد نواب الإصلاحيين في البرلمان الإيراني تعتبر انتقادا واضحا لتصريحات وزير الدفاع الإيراني حسين دهقان حول عدم صلاحية البرلمان الإيراني لمناقشة التواجد العسكري الروسي في قاعدة نوجه بمدينة همدان الإيرانية. وكشفت مصادر مطلعة أن ما يقارب 30 نائبا في مجلس الشورى الإيراني وجهوا رسالة إلى الرئيس الإيراني حسن روحاني وإلى رئيس المجلس الأعلى للأمن القومي الإيراني علي شمخاني ينتقد فيها النواب تواجد الروس العسكري في إيران وإظهار مخاوفهم الأمنية وتأثيره على الأمن القومي الإيراني مستقبلا، حيث أوضح النواب في رسالتهم أن جميع الدفاعات الإيرانية تصبح مكشوفة أمام الطيران الحربي الروسي، في حين لا يمكن أن نثق في روسيا كحليف استراتيجي لإيران في المنطقة وأن موقف روسيا وتلاعبها في قضية الملف النووي الإيراني أثبت ذلك بحسب رسالة النواب الإيرانيين لروحاني ولشمخاني.