أكد المؤتمر الثاني للمسؤولين عن حقوق الإنسان في وزارات الداخلية العربية حق الدول في إتخاذ التدابير اللازمة لمكافحة الإرهاب مع ضرورة أن تحترم جميع التدابير المتخذة مبادئ ومعايير حقوق الإنسان ، وأن تضمن الوفاء بالالتزامات المنوطة بها بموجب المعاهدات الدولية المتعلقة بحقوق الإنسان التي صادقت عليها . ودعا المؤتمر في ختام اعماله بالعاصمة التونسية الدول الأعضاء إلى العمل على تعزيز وحماية حقوق ضحايا الإرهاب ، وجبر الضرر وفقاً لقرار الجمعية العمومية للأمم المتحدة 60 /158 الصادر في 16 /2 /2005م . كما دعا المؤتمرون الجهات المعنية بحقوق الإنسان في وزارات الداخلية العربية إلى تبادل الخبرات في ما بينها في مجال نشر ثقافة حقوق الإنسان ، وإلى تفعيل الشراكة مع المؤسسات الوطنية لحقوق الإنسان ، والاستفادة من خبراتها في هذا المجال .