سارت ميليشيا الحوثي على خطى تنظيم داعش الإرهابي باستهداف المساجد ودور تحفيظ القرآن الكريم بالتفجير والنهب والقصف، وتحويل المساجد التي لم تتضرر بشكل بالغ إلى ثكنات عسكرية لتخزين الأسلحة. وبحسب تقرير رسمي صادر عن برنامج التواصل مع علماء اليمن التابع لوزارة الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد السعودية، فقد تعرض 29 مسجدًا في عدة محافظات يمنية للتدمير والتفجير بالكامل منذ اندلاع العملية الانقلابية وحتى مطلع عام 2016. بينما تعرض 24 مسجدًا لأضرار بليغة وتهدم أجزاء من جدرانها، فيما حولت الميليشيا 146 مسجدًا إلى «ثكنات عسكرية» لقتل الناس وتدمير المنازل ومقرات للقناصة لاصطياد الرجال والنساء والأطفال المارين حول تلك المساجد. وعمد الحوثيون إلى استغلال أركان المساجد كافة التي نجت من التفجير والقصف لعدة أهداف دنيئة، هي تحويل الأدوار الأرضية إلى مخازن للأسلحة الثقيلة والمتوسطة والمتفجرات، وباحات المساجد إلى مكان للمقيل والتدريب، بينما حولت فناء المسجد الداخلي إلى مكان لمضغ القات وتناول «الشيشة» و«الشمة». وتهدف ميليشيا الحوثي حسب التقرير من استهداف المساجد بالتفجير والتدمير إلى تحقيق «تطهير طائفي وإبادة جماعية للوجود الديني في مختلف أنحاء المحافظات التي تسيطر عليها»، بغية تحقيق هدفها الأسمى بإقامة «إمارة مذهبية خالصة» لخلق صراعات طائفية. وأفصح التقرير عن ترتيبات حوثية - إيرانية فيما يخص استهداف دور العبادة، إذ قامت ميليشيا الحوثي باستقدام مصورين تابعين لقناتي «العالم» الإيرانية و«المنار» التابعة لما يسمى «حزب الله» اللبناني لتصوير ونشر وقائع تفجير دار الحديث الشهير في منطقة «كتاف» شمال صعدة، حيث لقيت حادثة التفجير حفاوة القناتين. ولم تسلم المساجد التي حوت مواد غذائية لتوزيعها على فقراء المناطق المجاورة للمساجد من الانتهاكات الحوثية، إذ تسابقت الأيادي الحوثية على سرقة المواد الغذائية من داخل المساجد، إضافة إلى نهب السماعات والأبواق والميكروفونات وسجادها الأرضي والرفوف المخصصة لأحذية المصلين. وفرضت الميليشيا خطباء بالقوة الجبرية على كثير من المساجد، إذ يرى الحوثيون أن الأولى بهم قبل التمدد المناطقي استهداف المساجد التي تنشر ما يخالف عقيدتهم.