نفذ الإسرائيليون أكثر من 100 اعتداء على المسجد الأقصى، الذي تعرّض خلال العام المنصرم إلى اقتحامات متعددة من قِبَل 15 ألف إسرائيلي، كما ازدادت بصورة ملحوظة عمليات إبعاد المصلين، واستمر منع عشرات النساء إلى جانب إصدار قانون الأذان؛ الذي ينص على حظر رفع الأذان عبر مكبرات. وأوضح تقرير يسلّط الضوء على أبرز التطورات والمواقف المتعلقة بالقدس على المستوى العام، أن عام 2016 شهد حراكًا كبيرًا تجاه تطور الأحداث في القدس عامة، وفي المسجد الأقصى خاصة، وتزايد الاستيطان، وارتفاع وتيرة هدم المنازل، ومحاولة تكريس التقسيم الزماني والمكاني للمسجد الأقصى كأمر واقع، وارتفاع وتيرة الاقتحامات. عام عصيب على الأقصى ووصف تقرير معلوماتي أعدته مؤسسة القدس الدولية عن العام 2016 حصلت على نسخة منه بأنه كان عامًا عصيبًا جدًّا على المسجد الأقصى من مختلف النواحي، حيث شهد محاولات غير مسبوقة من قِبَل الحكومة الإسرائيلية لتعطيل عمل دائرة الأوقاف، إضافة لازدياد استفزازات المتطرفين المقتحمين العدوانية، وازدياد محاولات أداء الطقوس الدينية من قِبلهم داخل المسجد. وبمقابل ذلك، ازدادت وبصورة ملحوظة عمليات إبعاد المصلين عن المسجد الأقصى، وعن مدينة القدس، واستمر منع عشرات النساء من دخول المسجد للصلاة. التهويد الديني والثقافي على مستوى التهويد الديني والثقافي، شهد عام 2016 استمرار الاعتداءات الإسرائيلية على الأقصى، ومزيدًا من الإمعان في إبعاد المرابطين والمرابطات، بالتزامن مع تزايد استهداف موظفي الأوقاف وحراس الأقصى. وسُجِّل أكثر من مئة اعتداء على المسجد الأقصى في عام 2016، وشهد العام المنصرم زيادة كبيرة في عدد المقتحمين للمسجد الأقصى. تغيير الواقع الديموغرافي وأكد تقرير المؤسسة الدولية على استمرار مساعي الاحتلال لتغيير الواقع الديموغرافي لمدينة القدس المحتلة ضمن مسارَي الاستيطان والهدم، حيث يعمل الاحتلال على تطوير المستوطنات القائمة وتحويلها لمدن مع تقديم التسهيلات المالية لسكن المستوطنين، وبالمقابل يقدم على هدم منازل الفلسطينيين لحرمانهم من حق السكن مع التضييق المستمر على قدرتهم لإعادة بناء ما هُدِم.  إجراءات الاحتلال التهويدية وأشار إلى أن انتفاضة القدس، التي أتمّت عامها الأول مع استمرار عمليات الطعن والدهس وإطلاق النار، وإن كانت بوتيرة أقل، أكدت أنّ إجراءات الاحتلال التهويدية لن تتحوّل إلى واقع مقبول لدى المقدسيين، إنما ستكون عامل تفجير في وجه الاحتلال. وأشارت إلى أنه، وبالنظر إلى نقاط القوة التي تتميّز بها انتفاضة القدس، ومع استمرار العوامل التي ساعدت على انطلاقها، يمكن توقع المزيد من العمليات في الآونة المقبلة، بصرف النظر عن وتيرة العمليات أو توزيعها الزمني، وذلك على الرغم من إجراءات الاحتلال للقضاء عليها نهائيًّا. اليونسكو ومجلس الأمن وسلَّط تقرير المؤسسة الضوء على قرارَي اليونسكو ومجلس الأمن، وما نتج عن ذلك من مواقف وردود أفعال، حيث صادقت منظمة اليونسكو على قرار تجاهل التسمية الإسرائيلية للأقصى، واعتمد التسمية الإسلامية (الحرم الشريف)، وتسمية حائط البراق بـ(الحائط الغربي الجنوبي للأقصى)، كما صدر عن مجلس الأمن الدولي القرار رقم 2334، الذي طالب بوقف جميع الأنشطة الاستيطانية في الأراضي الفلسطينية المحتلة بما فيها شرقي القدس.