المهمة الرئيسية للفرقة اليابانية خلال سنوات الخمسة الماضية هي تشييد البنية التحتية في البلد الذي تمزقه الحرب. ومع ذلك وفي خطوة أثارت جدلا في البلاد سمح للفرقة في نوفمبر/تشرين الثاني 2016 بالقيام بمهام إنقاذ ومرافقة موظفي الأمم المتحدة والعاملين في المنظمات غير الحكومية وفقا لقانون أمني تم سنه عام 2015 وسع المهام الخارجية لقوات الدفاع الذاتي وهو الاسم الذي يطلق على الجيش الياباني. ويشهد جنوب السودان الذي استقل في 2011، نزاعا بين الرئيس سيلفا كير ونائبه السابق مشار حيث تدور حرب أهلية وصلت إلى "مستويات كارثية" بحسب تقارير للأمم المتحدة. والنزاع الذي ارتكبت خلاله فظاعات من الطرفين بحسب الهيئات الدولية أوقع عشرات آلاف القتلى وأدى إلى تشريد ثلاثة ملايين شخص. وكانت بعثة الأمم المتحدة في جنوب السودان قد قالت في فبراير/شباط إن القتال بين قوات الحكومة والمعارضة في البلاد تفاقم بدرجة تدعو للقلق وأدى إلى إجلاء عمال إغاثة مع وصول المزيد من الإمدادات العسكرية إلى ولاية أعالي النيل. وأجبرت الحرب الأهلية في أحدث دول العالم ما يربو على ثلاثة ملايين شخص على الفرار من ديارهم. وقالت بعثة الأمم المتحدة "ما بدأ بتبادل لإطلاق النار بين الجيش الشعبي لتحرير السودان وقوات ميليشيا أقوليك المعارضة توسع جغرافيا. ومنذ ذلك الحين لوحظ وصول إمدادات عسكرية إلى المنطقة." وأدى التنافس السياسي بين رئيس جنوب السودان سلفا كير المنتمي لقبيلة الدنكا ونائبه السابق ريك مشار المنتمي لقبيلة النوير إلى حرب أهلية في 2013 نشبت في الغالب على أسس عرقية. ووقع الاثنان اتفاقا هشا للسلام في 2015 لكن القتال استمر. وفر مشار في يوليو/تموز 2016.