بعد سيل الهجمات الذي تعرض له الأزهر وشيخه في مصر على خلفية الهجمات الأخيرة التي استهدفت الكنائس في البلاد والانتقادات التي طالت نظامه التعليمي، ردت هيئة كبار العلماء بعد اجتماع برئاسة شيخ الأزهر، أحمد الطيب، باتهام منتقديها بـ"تزييف وعي الناس" محذرة من "العبث بالأزهر" مع تأكيد استمرار المؤسسة بعملها. قدمت هيئة كبار العلماء تعازيها للأقباط وللمصريين في ضَحايا التفجيرَيْن بكنيستي مارجرجس بطنطا والكنيسة المرقسية بالإسكندرية، معلنة وقوف الأزهر إلى جانبِ الكنيسةِ المصريَّة "في وجه كل مَن يعتَدي عليها" وأكدت أن استهداف الأبرياء ودور العبادة "أمرٌ خارجٌ عن كُلِّ تعاليمِ الإسلامِ وشريعتِه" كما شددت على تحريم "تفخيخ النفس وتفجيرها وسط الأبرياء." وردت الهيئة على الهجوم الذي يتعرض له الأزهر ومناهجه الدينية بالقول إن  مناهجَ التعليمِ لدى الأزهر "وحدَها الكفيلةُ بتعليمِ الفكرِ الإسلاميِّ الصحيح" وأن خريجيها "كانوا -ولا يزالون- دُعاةَ سلامٍ وأمنٍ وحُسن جوار،" ووصفت اتهام تلك المناهض بتفريخ الإرهابيين بأنه "تدليس فاضح وتزييف وعي الناس وخيانة الموروث." وتحدثت الهيئة عن وجود "أعداء للأزهر" وردت عليهم بالقول إن من وصفتهم بـ"المنكرين ضوء الشمس في وضح النهار" عليهم تذكر "كيف كان الأزهر بركةً على مصر وشعبها حيث جعَل منها قائدًا للعالم الإسلامي بأسرِه.. وقبلةً علميَّةً لأبناءِ المسلمين في الشرق والغرب" مضيفة: "وليَعلَمْ هؤلاء أنَّ العَبَثَ بالأزهر عَبَثٌ بحاضر مصر وتاريخها وريادتها، وخِيانةً لضمير شعبها وضمير الأمة كُلها" متعهدة ببقاء دور المؤسسة "إلى أن يَرِثَ الله الأرض ومَن عليها" وفق بيانها. يذكر أن الأزهر كان عرضة للهجوم مؤخرا في أعقاب التفجيرات التي ضربت كنائس في البلاد، علاوة على تحميل برامجه التعليمية مسؤولية انتشار التشدد في بعض الأوساط، الأمر الذي نفته المؤسسة الدينية الكبيرة بشدة، كما سبق أن شهدت العلاقة السياسية بين الأزهر والرئاسة المصرية توترات على خلفية قضية "الطلاق الشفهي".