يعتبر وضع إطار تنظيمي ورقابي للمؤسسات المالية الإسلامية من أهم التحديات التي تواجه صناعة التمويل الإسلامي في العالم في هذه الآونة خصوصاً وأن خدماتها لم تعد قاصرة على الدول الإسلامية. ويرى فريق أنه من الممكن للمصرفية الإسلامية أن تنخرط في النظام العالمي دونما تعقيدات، في حين يرى آخرون أن تلك الصناعة لها طبيعة خاصة يجب أن يتم الحفاظ عليها من خلال وضع أطر تنظيمية خاصة بها. ويقف فريق ثالث في الوسط بتبني فكرة وجود كل من النظامين الإسلامي والتقليدي جنباً إلى جنب. وتشير دراسات في التمويل الإسلامي إلى أن المسؤولين عن إعداد الهيكلة التنظيمية في المصارف الإسلامية يجب أن ينظروا إلى حسابات الاستثمارات من وجهة نظر حماية المستثمر وليس من وجهة نظر حماية المودع كما هو الحال في البنوك التجارية. وتقول الدراسات إن المصارف الإسلامية يجب أن تعامل بطريقة مختلفة عن البنوك التقليدية وخارج إطار معاهدة بازل. فالمضاربة وهي أحد صيغ التمويل الإسلامي تعتمد على مشاركة المودع في الأرباح والمخاطرة لا على حصوله على فائدة محددة كما في البنوك التقليدية. ويوصي خبراء بأن توضع لوائح تنظيمية تتعلق بتوضيح كافة التفاصيل الخاصة بسير عملية المضاربة للمودع، وذلك بتوضيح كيفية إدارة الأموال التي أودعها في البنك سواء من خلال موظفي البنك أو المطبوعات الخاصة بالبنك، فضلاً عن وجود كافة التفاصيل في الأوراق التي يوقعها العميل عند فتح حساب في البنك حتى لا يحدث أي التباس ناشئ عن الاختلاف بين طبيعتي البنك الإسلامي والبنك التقليدي.