وجهت مؤسسة أميركية اتهامات لقطر بتمويل القاعدة في سورية، ومنظمات متطرفة بشكل مباشر أو غير مباشر. وكشف تقرير لـ«مؤسسة الدفاع عن الديمقراطيات»، أن قطر ترعى تنظيمات متطرفة، مثل «الإخوان المسلمين» وحركة «طالبان» التي تستضيف قطر بعثة دبلوماسية لها في الدوحة، و«جبهة النصرة» (فرع القاعدة في سورية)، كما تمول الدوحة هذه التنظيمات سواء بشكل علني أو سري. وبحسب التقرير، فإن وزارة الخزانة الأميركية وثقت في عام 2013 تورط قطر في تقديم دعم للقاعدة بلغ 600 ألف دولار، عن طريق عبدالرحمن النعيمي. كما قدمت قطر، دعماً سياسياً ومالياً وإعلامياً لمنظمات متطرفة في سورية من بينها «جبهة النصرة». وقال التقرير إن الدعم المالي الذي تقدمه الدوحة لهذه الجماعات لا يقتصر على التمويل المباشر وجمع التبرعات، بل يأخذ صوراً غير مباشرة، مثل القيام بوساطات للإفراج عن رهائن تحتجزهم الجماعات المتطرفة، مقابل فدى تسهم في تمويل أنشطة هذه الجماعات. وتوسطت قطر في عام 2015 للإفراج عن خمسة من كبار قادة الحركة، الذين كانوا محتجزين في معسكر غوانتانامو مقابل الإفراج عن جندي أميركي خطف في أفغانستان. والدور القطري في تمويل الجماعات الإرهابية أو إيواء إرهابيين ليس جديداً، بل هو سياسة مستمرة منذ عقود، ففي عام 1996 استضافت قطر خالد شيخ محمد، العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر.