كشف النظام الجديد للضريبة المضافة الذي تتولى تطبيقه الهيئة العامة للزكاة والدخل عن تشكيل لجنة باسم لجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية تختص في الفصل في دعاوي ومنازعات الحقين الخاص والعام والناشئة عن تطبيق أحكام النظام الضريبي على أن تكون هناك أكثر من مجموعة في هذه اللجنة تضم أعضاء من ذوي الاختصاص والخبرة والتأهيل النظامي. وأبان النظام أن هناك لجنة أخرى سيتم تشكيلها باسم اللجنة الاستئنافية للمخالفات والمنازعات الضريبية سيتم تشكيلها بمواكبة عمل اللجنة الأولى بهدف الاختصاص في الفصل في الاعتراضات المقدمة ضد قرارات لجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية. وأبان النظام استمرار عمل اللجان الابتدائية والاستئنافية المنصوص عليها في نظام ضريبة الدخل الصادر في عام 1425. وطبقا للنظام الجديد فإن اللائحة التنفيذية له والتي تتولى صياغتها للتطبيق هيئة الزكاة والدخل ستميط اللثام عن آليات وإجراءات ورسوم الضريبة المضافة فيما يتعلق بالتسجيل لأغراض الضريبة وتوريد السلع والخدمات وأشكال ومهل إصدار الفواتير الضريبية وتحديد فترة الضريبة وتاريخ الاستحقاق الضريبي وشروط خصم الضريبة. وكشف النظام عن حزمة عقوبات للمخالفين منها غرامة 50 ألف ريال لمن لم يلتزم بحفظ الفواتير الضريبية والمستندات خلال الفترة المنصوص عليها في اللائحة كما ستطال الغرامة أي صور منع أو إعاقة موظفي الهيئة من أداء مهامهم . وتوعد النظام غير المسجلين في حالة قيامهم بإصدار فاتورة ضريبية بغرامة 100 ألف ريال .