مسجد الفتح يظل شاهدا على موقعة غزوة الخندق وتسمى أيضا غزوة الأحزاب وهي غزوة وقعت في شهر شوال من العام الخامس من الهجرة (الموافق مارس 627م) بين المسلمين بقيادة رسول الله صلى الله عليه وسلم، والأحزاب الذين هم مجموعة من القبائل العربية المختلفة. سبب غزوة الخندق هو أن يهود بني النضير نقضوا عهدهم مع النبي صلى الله عليه وسلم وحاولوا قتله، فوجه إليهم جيشه فحاصرهم حتى استسلموا، ثم أخرجهم من ديارهم. ونتيجة لذلك، هم يهود بني النضير بالانتقام من المسلمين، فبدأوا بتحريض القبائل العربية على غزو المدينة المنورة، فاستجاب لهم من العرب: قبيلة قريش وحلفاؤها: كنانة (الأحابيش)، وقبيلة غطفان (فزارة وبنو مرة وأشجع) وحلفاؤها بنو أسد وسليم وغيرها، وقد سموا بالأحزاب، ثم انضم إليهم يهود بني قريظة الذين كان بينهم وبين المسلمين عهد وميثاق. تصدى الرسول صلى عليه وسلم والمسلمون للأحزاب، وذلك عن طريق حفر خندق شمال المدينة المنورة لمنع الأحزاب من دخولها، ولما وصل الأحزاب حدود المدينة المنورة عجزوا عن دخولها، فضربوا حصارا عليها دام ثلاثة أسابيع، وأدى هذا الحصار إلى تعرض المسلمين للأذى والمشقة والجوع. وانتهت غزوة الخندق بانسحاب الأحزاب، وذلك بسبب تعرضهم للريح الباردة الشديدة. ويؤمن المسلمون أن انتصارهم في غزوة الخندق كان لأن الله تعالى زلزل أبدان الأحزاب وقلوبهم، وشتت جمعهم بالخلاف، وألقى الرعب في قلوبهم، وأنزل جنودا من عنده. وبعد انتهاء المعركة، أمر الرسول صلى الله عليه وسلم أصحابه بالتوجه إلى بني قريظة، فحاصروهم حتى استسلموا، فقام الرسول عليه الصلاة والسلام بتحكيم سعد بن معاذ فيهم، فحكم بقتلهم وتفريق نسائهم وأبنائهم عبيدا بين المسلمين، فأمر عليه السلام بتنفيذ الحكم. يقول المؤرخ الدكتور تنيضب الفايدي ان موقعة الأحزاب نزلت فيها (سورة الأحزب)، وفي هذا المكان المساجد السبعة وكان مسجد الأحزاب مقتصرا على القيادة حيث كان الرسول عليه الصلاة والسلام يدير جيش المسلمين من خلال هذا المسجد بينما ينام في كهف (بني حرام) في جبل سلع ليلا. وأشار الفايدي إلى وجود مساجد صغيرة تقع في الجهة الغربية من جبل سلع عند جزء من موقع الخندق وهذه المساجد تقع على التوالى من الشمال إلى الجنوب بجوار مسجد الفتح وهي: مسجد سلمان الفارسي، مسجد أبي بكر الصديق، مسجد عمر بن الخطاب، مسجد علي بن أبي طالب، ومسجد فاطمة. وقد بناه عمر بن عبدالعزيز في فترة إمارته على المدينة المنورة بالحجارة من 87-93هـ، ثم جدد عام 575 بأمر الوزير سيف الدين بن أبي الهيجاء ثم أعيد بناؤه في عهد السلطان العثماني عبد المجيد الأول عام 1268هـ، 1851م.