استثنى نظام مكافحة جرائم الإرهاب وتمويله، النيابة العامة من التحقيق في قضايا الإرهاب، ومنح كافة الصلاحيات لكل من وزارة الداخلية وأمن الدولة للتحقيق في كافة أنشطة الإرهاب وتمويله ومهام الضبط الجنائي والاستدلال بما في ذلك البحث والتحري والضبط والملاحقة الجنائية والإدارية وجمع الأدلة والقرائن والتحري المالي والعمليات ذات الطابع السري. وكذلك تحديد وتعقب وضبط وتحريز أموال المشتبه به ومتحصلات الجريمة أو وسائطها في الجرائم المنصوص، حتى تتوفر للنيابة العامة الإمكانيات الخاصة للتحقيق في قضايا الإرهاب وفق قرار من مجلس الوزراء. ومنح النظام الجديد النيابة العامة الحق في إصدار أمر إذن الدخول للمساكن أو المكاتب أو المباني لغرض تفتيشها في أي وقت للقبض أو تحريز الأموال والممتلكات والمستندات أو الأدلة والمعلومات في أي جريمة لنظام الإرهاب، مع عدم الإخلال أنه في حالة وجود ضرورة أن يدون محضر بذلك لدواعي الاستعجال على أن يتم إبلاغ النيابة العامة خلال 24 ساعة. كما مُنحت النيابة العامة أمر الحجز التحفظي بصورة عاجلة وقبل إبلاغ المعني من الأطراف الإرهابية على الأموال والوسائط والتي قد تستخدم فيها الجرائم الإرهابية. كما مُنح النظام رئاسة أمن الدولة الحق في منع المشتبه بهم من السفر مع إبلاغ كل من النيابة العامة قبل 72 ساعة من تنفيذ الأمر، مشددًا على عدم إبلاغ الإرهابي أو الجماعات الإرهابية بما اتخذ بحقه من سير قضايا الإرهاب متى ما كانت المصلحة تتطلب ذلك. كما سمح نظام مكافحة الإرهاب للنيابة العامة بإيقاف إجراءات إقامة الدعوى بحق من بادر بإبلاغ عن جريمة من جرائم الإرهاب أو أرشد الجهات المعنية عن أشخاص مطلوبين أو خطيرين لديهم مخططات إرهابية، بالإضافة إلى الإفراج المؤقت عن أي موقوف في الجرائم لما تكون هناك محاذير تتطلب ذلك. كما منحت الجمارك عند الاشتباه بوجود حالة تمويل الإرهاب- بحجز ما يشتبه به من العملات أو الأدوات القابلة للتداول لحاملها أو السبائك الذهبية أو المعادن الثمينة أو الأحجار الكريمة أو المجوهرات المشغولة مهما كانت قيمتها، وإحالتها وحاملها- إن وجد- فورًا للجهة المختصة لاتخاذ الإجراءات النظامية مع إشعار الإدارة العامة للتحريات المالية بذلك، وتحدد اللائحة الأحكام المتعلقة بتطبيق هذه المادة. كما تضمن النظام النص على ارتباط الإدارة العامة للتحريات المالية برئيس أمن الدولة مباشرة، على أن تتمتع باستقلالية عملية كافية، وتعمل بوصفها جهازًا مركزيًّا وطنيًّا على أن تتلقى البلاغات والمعلومات والتقارير المرتبطة بجرائم الإرهاب وتمويله، وإحالة كافة التحليلات للجهة ذات الاختصاص مع التشديد بسرية المعلومات لكل موظفي التحريات المالية.