أبدى علماء عن خشيتهم من أن نقل بكتيريا نافعة من أمعاء شخص إلى آخر يمكن أن يكون ناقلًا لأمراض جمة، منها مثلًا اضطرابات النوم ومرض السفر والبدانة وتصلب الأنسجة المتعدد أو باركنسون.وحسب موقع إيلاف فقد شاعت في السنو ات الأخيرة عملية نقل بكتيريا نافعة من أمعاء سليمة إلى الجهاز الهضمي لمرضى مصابين بأنواع خطيرة من العدوى، مثل عدوى الكلوستريديوم دفيسيل أو التهاب القولون الغشائي. وهناك الآن مئات من أفلام الفيديو على الانترنت تبيّن كيف يستطيع الشخص أن يمارس عملية نقل هذه البكتيريا إلى معدته بنفسه.لكنّ علماء متخصصين في الميكروبيوم أو الأحياء الدقيقة التي تسكن المعدة والأمعاء البشرية أعربوا عن خشيتهم من أن نقل هذه الأحياء إلى شخص آخر يمكن أن تنقل معها اضطرابات النوم ومرض السفر والبدانة، بل وحتى نقل أمراض المناعة الذاتية، مثل تصلب الأنسجة المتعدد أو مرض الباركنسون قال البروفيسور روب نايت المتخصص في طب الأطفال وعلم الكومبيوتر في جامعة كاليفورنيا الأميركية إن نقل البكتيريا من أمعاء شخص إلى آخر ظاهرة مقلقة "في سياق حماسة الجمهور" لمثل هذه العملية. وأوضح البروفيسور نايت أن العملية تتطلب فحص المانح للتأكد من عدم إصابته بالتهاب الكبد أو فيروس الإيدز أو غير ذلك من الأمراض التي تُنقل عن طريق الدم. لكن لا يُعرف ما إذا كان يجري فحص المانح بشأن أمراض أخرى، مثل تصلب الأنسجة المتعدد أو باركنسون "أو كل الأشياء الأخرى الموجودة في الميكروبيوم". في الختام، أشار إلى أن هذه الأشياء الموجودة في الفئران يمكن أن تنقلها بكتيريا المعدة معها. ومن هنا مبعث القلق، لأنه من الجائز تاليًا أن تنتقل الأمراض المذكورة من إنسان إلى آخر.