هاجم الدكتور شوقي علام مفتي مصر، اعتماد بعض الدارسين الأزهريين على مراجع لكُتاب إخوان ومتطرفين في أبحاثهم العلمية؛ لكون ذلك "هدمًا لرؤية الدين، وتكريسًا للتطرف". وقال مفتي مصر، خلال مناقشته رسالة دكتوراه لباحث أزهري: "إن الرجوع إلى تلك المراجع (الإخوانية) مصيبة، وأمر لا يليق بعلماء الأزهر؛ فرجوع الباحث إلى كتب سيد قطب منظر جماعة الإخوان، إنما هو اعتداد بفكر المؤسس الحقيقي لفقه الإرهاب القائم على تكفير المجتمع، وهو منظر سياسة الاغتيالات وتدمير مؤسسات الدولة". وحسب تقارير إعلامية مصرية، قال الباحث إن رسالته بعنوان "أحكام العمليات التفجيرية في غير ميادين القتال"، وهدفها توضيح الوصف الفقهي لتلك العمليات الدموية، والسبل الوقائية والعلاجية لها، مشددًا على وجوب إقامة الحدود الشرعية على مرتكبي تلك الأفعال الشنيعة التي تريد تدمير المجتمع. يشار إلى أن تلك المرة لم تكن الأولى التي ينفعل فيها عالم مصري على باحث خلال مناقشته رسالة علمية؛ إذ انفعل الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف المصري من قبل خلال مناقشته رسالة باحث ماجستير قال في رسالته إن "أخطر الأصنام الجديدة هي الوطن، وإن إلباسه للدين بمنزلة الكفن"، ليصف الوزير توصيف الباحث بالجهل الذي "يخدم أفكار الإخوان" وأضاف الوزير وقتئذ أن "الباحث أساء لفكرة الوطنية والدين؛ فهو ينم عن جهل منه وعدم فهم، ولولا تأكدي من جهله لأحلته إلى مجلس تأديب واتخذت كافة الإجراءات اللازمة ضده".