أثارت المادة الثانية من مشروع قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية جدلا داخل اجتماع اللجنة الدينية بالبرلمان، والتى تنص على أن تحل هيئة الأوقاف محل وزارة الأوقاف فيما لها من حقوق وما عليها من التزامات تتعلق بإدارة واستثمار الأموال التي تختص بها.واعترض رئيس لجنة الشئون الدينية، أسامة العبد على المادة وقال: "وزير الأوقاف هو ناظر الوقف والعبارة توحي بسحب البساط لصالح الهيئة"، مضيفا "الهيئة مسئولة عن إدارة أموال الوقف واستثمارها"، و"المادة بها شبهة سحب البساط".من جهته قال رئيس القطاع الديني في وزارة الأوقاف، جابر طايع: إن النص به فجاجة وقوة وإبعاد لوزارة الأوقاف، قائلا:" ذيلوها بتحت إشراف وزارة الأوقاف".وردا على سؤال للنائب محمد إسماعيل بشأن فلسفة القانون، قال العبد: "كل يوم نعمل مشروعات قوانين ليست خاصة بالهيئة فقط، أوسع مشروعات قوانين على مسار تاريخ مجلس النواب كانت من خلال المجلس الحالي، فلا تتعجب من هذا الحياة مستمرة ومتجددة ونحن نجدد القانون".من ناحيته قال وزير الأوقاف محمد مختار جمعة: إن كل النوايا تتجه لصالح الوقف وصالح المجتمع، وأشهد الله فيما اتعامل فيه إن القيادة السياسية ممثلة في الرئيس ورئيس الوزراء أكثر غيرة منا جميعا على مال الوقف.واستطرد جمعة "كل هذا مسجل في مضابط مجلس الوزراء"، مؤكدا على الانحياز لمال الوقف وحمايته والالتزام بضوابط الشرع.وبشأن المادة المثيرة للجدل أوضح جمعة أنها مادة مستقرة وليست مستحدثة، ودعا لمطالعة القانون القديم ، مشيرا إلى إن المادة منقولة نصا، مضيفا "لما الوزارة كانت تدير وأنشئت هيئة الأوقاف أنابتها في الإدارة والاستثمار".وتابع "المواد التي استقر العمل بها ولم نتقدم بتعديلها نسمع الرأي فيها".وبشأن فلسفة التعديلات قال جمعة :"في ظل تغير قواعد الاستثمار ، عايزين مساحة أوسع لهيئة الأوقاف مع تغير ظروف العصر الحاضر لا يمكن إدارة كل الأموال بنفس الطرق القديمة"، مؤكدا ضرورة توسيع مساحة الاستثمار وإيجاد مجالات أوسع في الية الاستثمار ، مشددا على بقاء الأحكام والضوابط الشرعية كما هي.