لاحظ تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية عدم قيام مجلس التعليم العالي بالتحقق من سلامة مؤهلات أعضاء الهيئات الأكاديمية غير البحرينيين بمؤسسات التعليم العالي وتأخرها في بعض الحالات في البت في طلبات توظيفهم. وأشار التقرير إلى عدم قيام الأمانة العامة بعرض مؤهلات أعضاء الهيئات الأكاديمية غير البحرينيين على اللجنة الوطنية لتقويم المؤهلات العلمية قبل الموافقة على طلبات توظيفهم، في حين أنها تلتزم بالحصول على معادلة اللجنة للمؤهلات العلمية الخارجية عند توظيف الأكاديميين البحرينيين، الامر الذي أدى إلى الموافقة على توظيف أكاديميين غير بحرينيين يحملون مؤهلات أوقفت اللجنة معادلتها ويحمل بعضهم مؤهلات صادرة من جامعات غير مدرجة ضمن الجامعات الموصى بها، ما لا يضمن توظيف مدرسين مؤهلين بتلك المؤسسات. وأشار التقرير إلى تأخر الأمانة العامة أحيانًا في البت في طلبات مؤسسات التعليم العالي لاستقدام وتوظيف أعضاء الهيئات الأكاديمية عن المدة المحددة في دليل خدمات الأمانة وهي 3 شهور، وذلك لحوالي 36% من عينة الطلبات التي تمت مراجعتها، حيث استغرقت دراستها والبت فيها مدة تراوحت بين 5 و8 أشهر، ما يترتب عليه تعطيل مصالح تلك المؤسسات وقد يؤثر ذلك على سير العملية التعليمية. في سياق متصل، لاحظ التقرير عدم استعانة مجلس التعليم العالي في بعض الحالات بتقارير هيئة جودة التعليم والتدريب المتعلقة بتقييم برامح مؤسسات التعليم العالي، خاصة في أعمال الرقابة والتفتيش ورصد المخالفات على المؤسسات التي تحصل برامجها على تقييم «غير جدير بالثقة»، ما لا يحقق التكامل بين أعمال الجهتين ولا يساعد على تحقيق أهداف المجلس في ضمان جودة العملية التعليمية وحماية مصالح الطلبة. وذكر التقرير أن قانون التعليم العالي واللوائح الصادرة بمقتضاه لا تنص على أي إجراءات أو جزاءات يمكن للمجلس اتخاذها حيال مؤسسات التعليم العالي التي لا تلتزم بأحكام ولوائحه التنظيمية بحسب نوع المخالفة والآثار المترتبة عنها.