جريمة أخرى ترتكبها ميليشيا الحوثي عندما تحول المستشفيات إلى ثكنات عسكرية ومخازن للأسلحة، ليشهد القطاع الصحي في اليمن وضعًا مأساويًّا في بلد يعاني أسوأ أزمة إنسانية في العالم وفق الأمم المتحدة، في هذا الصدد قالت منظمة اليونيسف إن أكثر من نصف المرافق الصحية في اليمن باتت خارج الخدمة. وفي تقرير لها حملت الأمم المتحدة ميليشيا الحوثي المسؤولية عن هذا التدهور، جراء تحويلها مئات المرافق الصحية إلى ثكنات عسكرية، إضافة إلى منعها وصول الأدوية إلى عدة محافظات يمنية خاضعة لسيطرتها أو لحصارها. وقال الصحفي فيصل حسان، إن أساليب ميليشيا الحوثي تعددت في قصد المنشآت الطبية من خلال الاستهداف المباشر أو  استخدامها ثكنات ومخازن للمعدات العسكرية، ومنع وصول الأدوية إليها. وطبقا لإحصاءات منظمة الأمم المتحدة فإن نحو 60% من المنشآت الطبية تم تدميرها خصوصا في محافظتي تعز والجوف. وتسبب انهيار القطاع الصحي في وفاة أكثر من 2000 مواطن بداء الكوليرا و72 بداء الدفتيريا، وعشرات الأطفال بالحصبة، فيما لقي 250 من مرضى الغسيل الكلوي حتفهم، كما تعرض أكثر من 4 آلاف منهم  للخطر، وأصبح نحو 14 مليون يمني  لا يحصلون على الخدمات الكافية. من ناحية أخرى قال الصحفي فارس الحسام،  إن ميليشيا الحوثي تعمدت قصف وتدمير المنشآت الطبية بأكثر من منطقة، كما استهدفت الطواقم الطبية في أكثر من منطقة باليمن. وأعلنت منظمة الصحة العالمية مؤخرا حاجتها لنحو 627 مليون دولار من أجل استعادة وظائف المرافق الصحية المغلقة وتحسين مستوى الرعاية، وذلك لمعالجة ما أفسده الحوثيون في القطاع الصحي. من جانبه قال وكيل وزارة حقوق الإنسان اليمنية الدكتور نبيل عبد الحفيظ، إن ميليشيا الحوثي تستهدف القطاع الصحي في اليمن بأربعة أشكال، يتمثل أولها في القصف والتدمير المباشر للمرافق الصحية، والثاني  تحويلها لثكنات عسكرية. وقال عبد الحفيظ إن الشكل الثالث يأتي في إطار منع وصول المواد الطبية لهذه المرافق واحتجاز السفن المحملة بالمواد الطبية، وجعل عملية التطبيب صعبة للغاية، أما الشكل الرابع فيتمثل في الامتناع الكامل عن تسليم رواتب العاملين بالقطاع الصحي.