وجَّه «تنظيم الحمدين» سهامه لاستهداف القارة الأفريقية من خلال نشر التطرف وصناعة الإرهاب، متستراً خلف المراكز الدينية التي اتخذ منها سبيلاً لتقديم الدعم المالي للعناصر المتطرفة هناك، فخرجت من رحم هذه «الأوكار» جماعات التخريب والتدمير أمثال بوكو حرام، والشباب الصومالية، وغيرها من الجماعات الإرهابية التي اتخذت من الدول الأفريقية مركزاً لها. هذه المراكز والفروع التي أوجدها «تنظيم الحمدين» في أفريقيا بلغ عددها وفقاً لإحصاءات الباحثين المختصين نحو 1600 منشأة، تعمل على توظيف الاختلافات الطائفية لتعزيز الفوضى ونشر الفكر الإرهابي المتطرف، مستغلة سوء الأحوال المعيشية. وفي ظل الدعم القطري، تمددت الجماعات الإرهابية وتزايد نشاطها بشكل بالغ الخطورة، حتى أصبح مهدداً لسلامة واستقرار الكثير من الدول الأفريقية.