أوضحت محكمة النقض في أحد الطعون المنظورة أمامها ماهية لجان الطعون الضريبية.جاء في حيثيات الحكم أنه  إذ كان النص في المادة ١٥٩ من القانون رقم ١٥٧ لسنة ١٩٨١ بشأن الضرائب على الدخل أن " تختص لجان الطعن بالفصل في جميع أوجه الخلاف بين الممول والمصلحة في المنازعات المتعلقة بالضرائب المنصوص عليها في هذا القانون". وجاء الباب السادس من القانون رقم ٩١ لسنة ٢٠٠٥ بإصدار قانون الضريبة على الدخل ونص في المواد من ١١٧ إلى ١٢٣ على إجراءات الطعن على الربط الضريبى والطعن عليه أمام ذات اللجنة بعد اتباع ما أوجبته هذه المواد من إجراءات ومواعيد تراعى عند التظلم والطعن ، وهو ما يستفاد منه أن المشرع قد منح لجان الطعن اختصاص الفصل في جميع أوجه الخلاف بين الممول ومصلحة الضرائب في المنازعات المنصوص عليها في القانونين سالفى البيان الأول حال سريانه والثانى بعد إلغاء القانون الأول بموجب المادة الثانية من قانون إصداره.وكان لفظ جميع أوجه الخلاف قد ورد في صيغة عامة ولم يقم دليل على تخصيصه بنوع معين من الخلاف ، فيجب حمله على عمومه وإسباغ حكمه على جميع الخلافات التى تنشأ بين الممول ومصلحة الضرائب في جميع المنازعات المتعلقة بالضرائب المنصوص عليها في القانون سالف الذكر ومنها حساب الخصم والإضافة والتحصيل لحساب الضريبة ومن ثم فإن أى نزاع ينشأ بسببه تختص به لجان الطعن.ولجان الطعن هى هيئة إدارية لها ولاية القضاء للفصل في الخصومة بين الممول وبين مصلحة الضرائب بما فيها النزاع المتعلق بالضريبة على المرتبات التى تحال إليها طبقًا للإجراءات المنصوص عليها في هذا القانون والتي مؤداها أن المشرع قد رسم لممول ضريبة المرتبات سُبلًا للاعتراض على ربط الضريبة بتقديم طلب للجهة الملتزمة بدفع الإيراد والتى قامت بخصم الضريبة لتقوم بإرساله مشفوعًا بردها عليه لمأمورية الضرائب المختصة لفحصه وتعديل الربط إن اقتنعت بصحة الاعتراضات وإلا أحالته إلى لجنة الطعن المختصة بالفصل في أوجه الخلاف بين مصلحة الضرائب والممول طبقًا للقواعد المنصوص عليها في القانون وهو إجراء استلزمه المشرع للفصل في هذا النزاع الضريبى دون اللجوء مباشرة للمحكمة الابتدائية المختصة منعقدة بهيئة تجارية وفقًا لنص المادة ١٢٣ من القانون رقم ٩١ لسنة ٢٠٠٥ سالف البيان .