يجب التمييز بين أضرار المضادات الحيوية وبين الآثار الجانبية إذ ترتبط معظم أضرار المضادات الحيوية بسوء الاستعمال، أما الآثار الجانبية فلا تتعلق بسوء الاستعمال، ولا يوجد أي تفسير واضح لسبب حدوثها عند بعض الأشخاص وعدم حدوثها عند البعض الآخر.حيث تشمل أضرار المضاد الحيوي في الجسم على ما يلي:تعطيل الجهاز المناعي في الجسميعتبر الجهاز المناعي أحد معجزات الطبيعة، ويمكن له في حال كان فعالاً أن يقي ويشفي من الكثير من الأمراض، وقد يصف الطبيب الأدوية لمساعدة الجهاز المناعي على التغلب على الجراثيم التي تفوقه قوة.يمكن أن يتعطل الجهاز المناعي أو يضعف نتيجة للأمراض، أو سوء التغذية، أو بعض الأدوية،أمراض الأمعاء الالتهابيةتتكاثر الجراثيم النافعة بعد التوقف عن أخذ المضادات الحيوية وتعيد ترميم الأمعاء المتضررة، ولسوء الحظ لقد لا تتمكن دوماً من القيام بذلك،السمنةتعتبر السمنة واحداً من أكثر العوامل خطورة للإصابة لاحقاً بأمراض القلب، وأمراض جهاز التنفس، والداء السكري، وأمراض المفاصل.الاضطرابات النفسيةوجِد أن الأشخاص الذين يتعالجون بالمضادات الحيوية معرضون للإصابة بالاكتئاب والقلق بنسبة أعلى من غيرهم.ظهور سلالات من الجراثيم المقاومة للمضادات الحيويةهذا يؤدي لظهور جراثيم مقاومة للمضادات الحيوية، وتعتبر الجراثيم المقاومة واحدة من أكبر تحديات الطب الحديث، حيث إنّ أشكالاً جديدة من الجراثيم بدأت بالظهور دون وجود مضادات حيوية مناسبة لها.