وجهت وزارة الداخلية المصرية اتهامات واضحة إلى جماعة الإخوان المسلمين والمقربين منها بالمسؤولية عن التفجير الذي ضرب الكنسية البطرسية في القاهرة، وأدى إلى سقوط عشرات القتلى والجرحى، وذلك بناء على مسار تحقيقاتها، في حين ردت الجماعة بنفي التهمة، زاعمة أن النظام في القاهرة "يتاجر بدماء الأقباط." الداخلية المصرية اعتمدت على نتائج فحص المعمل الجنائي لمسرح الجريمة وأشلاء جثث الضحايا لتقول إنها تشتبه في المتهم الهارب محمود شفيق محمد مصطفى، الملقب بـ"أبو دجانة الكناني" بالتورط في تنفيذ حادث الكنيسة من خلال عمل انتحاري باستخدام حزام ناسف وذلك طبقا لنتائج مضاهاة البصمة الوراثية لأسرة المذكور DNA، مع أشلاء المشتبه به. وبحسب ما ذكره التلفزيون المصري، فقد "كشفت المعلومات عن سفر المدعو ابو دجانه الكناني إلى دولة قطر خلال عام 2015 وارتباطه الوطيد هناك ببعض قيادات جماعة الإخوان الإرهابية الهاربة الذين تمكنوا من احتوائه وإقناعه بالعمل بمخططاتهم الإرهابية وإعادة دفعه للبلاد لتنفيذ عمليات إرهابية بدعم مالي ولوجيستي كامل من الجماعة." واتهمت الداخلية في بيانها الكناني بتلقي تدريبات في سيناء، مؤكدة أنه سبق أن أوقف في قضايا على صلة بـ"إحدى البؤر التكفيرية" أما عن سائر المشتبه بهم، فقد أشار البيان إلى شخص آخر يدعى مهاب السيد قاسم، ويلقب بـ"الدكتور"، متهما إياه بالعمل على تجنيد وتدريب مجموعة من العناصر. وذكرت الوزارة أنها بمداهمة مقرهم تمكنت من ضبط حزامين ناسفين وكمية من الأدوات والمواد المستخدمة في تصنيع العبوات، وتوقيف عناصر كانوا على صلة بها. من جانبها، ردت جماعة الإخوان المسلمين عبر الصفحة الرسمية لـ"المتحدث الإعلامي" باسمها بالقول إن محمود شفيق – على غرار آخرين – نموذج "من ضحايا عرفت اسماؤهم وعشرات او مئات غيرهم لم تعرف اسمائهم قام نظام العسكر بقتلهم من أجل التغطية على جرائم ارتكبها واحترف التملص منها والصاقها بآخرين ولكن يفتضح أمره دائما" وفق تعبيرها. ووصفت الجماعة الوضع القائم لدى السلطات المصرية منذ وقوع التفجير بـ"المرتبك" متهمة اياها بـ"محاولة إلصاق التهمة بشاب في بداية العقد الثالث من عمره، بادعاء تحليل الحمض النووي لجثمانه في 24 ساعة من التفجير!!، وعرض صورتين لجثمان الشاب المتهم مختلفتين كليا عن بعضهما، ثم اعتقال الأمن لأسرته بالكامل." واتهمت الجماعة من وصفتهم بـ"العسكر" بـ"قتل المصريين، مسلمين ومسيحيين من أجل تحقيق أهداف خاصة بهم، ثم يقدم تمثيليات يفشل دائما في إقناع أحد بها" وأضافت أن السيسي "يتاجر الآن بدماء الأقباط من أجل مصالحه، وهو في حقيقة الأمر لا يحمي إلا نفسه."