قال موقع «فورين بوليسي» إن الأزمة الدبلوماسية القائمة بين قطر والدول العربية تتمحور أساساً حول علاقة الدوحة الوثيقة بمجموعة متنوعة من العناصر المتطرفة التي تمتد من طالبان إلى طهران، وصولاً إلى جماعة الإخوان المسلمين، إلا أن الأمر الأكثر إثارة للقلق هو علاقة قطر مع تنظيم القاعدة، وقد آن الأوان لأن تنتهي هذه العلاقة. وأوضح الموقع أن القاعدة في سوريا تتمتع بشرعية بالنسبة لقطر، كونها تقاتل نظام الرئيس السوري بشار الأسد، وكذلك تنظيم «داعش». وتنظر معظم الجهات التي تدعم القاعدة في سوريا إليها على أنها تنظيم «متطرف معتدل» في الصراع المتعدد الجوانب الدائر هناك. وغالباً ما ينظر إلى القاعدة في سوريا على أنها «أكثر اعتدالاً» من البدائل الأخرى، كما يرون فيها حلاً للقضاء على نظام الأسد. وساهمت قطر منذ فترة طويلة في جمع الدعم المالي لتنظيم القاعدة، وكذلك التحالفات التابعة لها في العراق وسوريا. وفي حين أن معظم هذه الشركات المنتسبة قامت بتنويع أساليب جمع التبرعات، بعيداً عن الاعتماد على المانحين الأفراد، واستغلال التدفقات الخيرية لإخفاء معاملاتهم، إلا أن تنظيم القاعدة في سوريا هو الاستثناء الرئيسي. ووفقاً لمجلس الأمن، فقد واصلت المجموعة اعتباراً من يناير/‏كانون الثاني 2017 استخلاص إيراداتها «أساساً من الدعم المالي الخارجي»، إلى جانب مصادر إجرامية للتمويل، من قبيل الاختطاف، وطلب الفدية، والابتزاز، وغنائم الحرب. وقد تصل ميزانية التنظيم إلى 10 ملايين دولار سنوياً. وقال ديفيد كوهين، النائب السابق لرئيس وكالة الاستخبارات المركزية الأمريكية في مارس/‏آذار من العام 2014 إن قطر متساهلة في تمويل الإرهابيين. واتخذت قطر بعض الإجراءات المحدودة ضد الممولين الإرهابيين الأفراد، حيث جمدت الأصول، وفرضت حظر السفر، وأغلقت بعض الحسابات، كما أغلقت جمعية مداد أهل الشام الخيرية المرتبطة بالقاعدة في سوريا، ولكن في كل هذه الحالات، تصرفت البلاد فقط رداً على ضغوط أمريكية كبيرة، وكانت مترددة بشكل ملحوظ في القيام بهذه الإجراءات. وفي الوقت نفسه، كانت بعض الإجراءات التي اتخذتها قطر ضد بعد الإرهابيين غير فعالة، فعلى سبيل المثال، تقرير وزارة الخارجية القطرية للعام 2014 بشأن مكافحة الإرهاب اعترف بإغلاق منصة «مدد أهل الشام» على الإنترنت، التي كان يديرها سعد الكعبي لجمع التمويل للمقاتلين في سوريا، إلا أن الكعبي استمر في المشاركة في تمويل القاعدة في سوريا لمدة عام من تاريخ فرض العقوبات عليه.