تلقى الشيخ علي فخر أمين الفتوى بدار الإفتاء سؤالا يقول" ما حكم الشرع في ختان الإناث".أجاب أمين الفتوى خلال البث المباشر عبر الصفحة الرسمية للدار، أن في موضوع الختان صدرت فتاوى كثيرة عن ختان الإناث وذكرت فى مؤتمرات لهذا الأمر، وقلنا إنه فيه اعتداء على الجسد، فإذا كانت الأنثى لا تحتاج إلى هذا الختان فلا يجوز إجراؤه.وأضاف أمين الفتوى: نذهب إلى طبيب ثقة أمين مختص بهذا الأمر إذا وجد أنها تحتاج إليه فلا مانع أما إذا كانت لا تحتاج إليه فلا يجوز الختان. وأكدت دار الإفتاء المصرية أن قضية ختان الإناث ليست قضية دينية تعبدية في أصلها، ولكنها قضية ترجع إلى العادات والتقاليد والموروثات الشعبية، خاصة وأن موضوع الختان قد تغير وأصبحت له مضار كثيرة جسدية ونفسية؛ مما يستوجب معه القول بحرمته والاتفاق على ذلك، دون تفرق للكلمة واختلافٍ لا مبرر له. جاء ذلك في معرض رد دار الإفتاء على عدد من الفتاوى التي أطلقها غير المتخصصين، والتي تقول بوجوب ختان الإناث، وتدعو إليه، حيث أكدت الدار أن حديث أم عطية الخاص بختان الإناث ضعيف جدًّا، ولم يرد به سند صحيح في السنة النبوية. وأوضحت دار الإفتاء أن عادة الختان عرفتها بعض القبائل العربية نظرًا لظروف معينة قد تغيرت الآن، وقد تبين أضرارها الطبية والنفسية بإجماع الأطباء والعلماء، مشيرة إلى أن الدليل على أن الختان ليس أمرًا مفروضًا على المرأة أن النبي صلى الله عليه وآله وسلم لم يختن بناته رضي الله عنهن. وأشارت الدار إلى أنها تفاعلت مبكرًا مع البحوث العلمية الطبية الصادرة عن المؤسسات الطبية المعتمدة والمنظمات الصحية العالمية المحايدة، التي أثبتت الأضرار البالغة والنتائج السلبية لختان الإناث؛ فأصدرت عام 2006 بيانًا يؤكد أن الختان من قبيل العادات لا الشعائر، وأن المطلع على حقيقة الأمر لا يسعه إلا القول بالتحريم.وحذَّرت دار الإفتاء من الانجرار وراء تلك الدعوات التي تصدر من غير المتخصصين لا شرعيًّا ولا طبيًّا، والتي تدعو إلى الختان وتجعله فرضًا تعبديًّا، مؤكدة أن تحريم ختان الإناث في هذا العصر هو القول الصواب الذي يتفق مع مقاصد الشرع ومصالح الخلق، وبالتالي فإن محاربة هذه العادة هو تطبيق أمين لمراد الله تعالى في خلقه، وبالإضافة إلى أن ممارسة هذه العادة مخالفة للشريعة الإسلامية فهي مخالفة كذلك للقانون، والسعي في القضاء عليها نوع من الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر.