فى الوقت الذى أصبح فيه الإرهاب بجميع أشكاله ظاهرة عالمية تخطت أخطارها كل الحدود وأدركت كل دول العالم وشعوبه حتمية تنسيق الجهود لمحاصرته والتصدى له، كان للدكتور محمد مختار جمعة وزير الاوقاف الأسبقية في مواجهة ظاهرة الإرهاب.ومن منطلق ما تعانيه مصر من خطر الإرهاب الغاشم دائما ما يتصدر المشهد في مواجهته لدعم الدولة المصرية ودعمه الدائم لمواجهة التطرف والإرهاب لما لهما من تأثير سلبى على عقول الشباب، حيث قاد عملية تنوير العقول وترسيخ المفاهيم الثقافية والإجتماعية اللازمة لحماية أبنائنا من الأفكار المتطرفة .وحرص جمعه علي تبني إستراتيجية فعالة لمواجهة التنظيمات الإرهابية ، لم يتخل جمعه عن المحافظة علي دور العبادة مبنى ومعنى وقَدَّمَ برنامجا تدريبيا للأئمة هو الأكبر في العالم كمًّا وكيفًا .حارب ظاهرة التطرف الفكري بدعمه دعوة تجديد الخطاب الديني والعمل علي إزالة الأفكار المغلوطة التي يستغلها البعض لتضليل أبنائنا واجتذابهم إلى طريق الظلام والتدمير .نجح في تصحيح المفاهيم الخاطئة التي تقدمها الجماعات الإرهابية للمجتمع، مبينا أن النهضة الحقيقية والصحوة الحقيقية هي التي تقوم على تقدم الأمم العلمي والصناعي والاقتصادي فلن يحترم الناس ديننا ما لم نتفوق في أمور دنيانا ، فإن تفوقنا في أمور دنيانا احترم الناس ديننا  ودنيانا ، وضع هذه القيم والمبادئ الصحيحة في عقول أبنائنا .ونجحت مواجهته الفكرية الجادة في تقليل الخسائر في الدماء والأرواح التي تزهق في المواجهات الأمنية أو في العمليات الإرهابية، إضافة إلى ما سوف تؤدي إليه من دفع عجلة التنمية والإصلاح الاقتصادي الذي يعود بالرخاء على الشعوب والأفراد.ومما لاشك فيه أن تأثير الإرهاب على التنمية والاستقرار أصبح أمرًا لا جدال فيه، وكل تهاون في مواجهة هذا الفكر سينعكس سلبًا على حاضرنا ومستقبلنا وعلى شبابنا الذين هم ذخيرة هذا الوطن وأمله في بناء المستقبل والدولة الحديثة وهذا ماسعي إليه وزير الاوقاف.وحرص جمعه علي نشر الفكر الوسطي المستنير داخل مصر وخارجها ، وتعاون مع كثير من الشركاء الأفارقة في نشر الفكر المستنير ومواجهة الفكر المتطرف.وشهدت الفترة الحالية تطورا من وزارة الاوقاف في مكافحة الإرهاب والتطرف التى اتبعتها الوزارة ، فى مكافحتها للأفكار المتطرفة وهذا التطور لا ينكره أحد وتتميز هذه المواجهه بالفكر والثقافة والتوعيه للمجتمع ، نعم مصر تواجه موجة من العنف والإرهاب لم تشهدها من قبل وقدمت مئات الضحايا من الشهداء الذين يتساقطون كل يوم برصاص الخسة والخيانة ولم يفرق الإرهاب بين المسلم والمسيحى أو كنيسة أو مسجد وسننتصر عليهم بمشاركة جميع طوائف المجتمع في مكافحه الإرهاب .