يعتمد النظام الإيراني على الميليشيات العسكرية المصنفة على قائمة الإرهاب كالحرس الثوري والباسيج الذي يخضع لما يسمى بالمرشد الأعلى للثورة ويضم مجموعات من رجال الدين وتابعيهم بعقيدة متطرفة، ويعتبره المعارضون الإيرانيون جهاز القمع الذي يرتكب الجرائم بحق الأبرياء في الداخل، كما يتولى مهمة تدريب وتوجيه عناصر الفصائل الإرهابية بالمنطقة، وله دور كبير مع الحرس الثوري في تنفيذ الهجمات الإرهابية على السفارات وحرقها واحتجاز الدبلوماسيين كرهائن والاعتداء عليهم. فالحرس الثوري والباسيج يعملان منذ عدة عقود على تصدير الثورة والتدخل في شؤون الدول إنفاذاً لما ورد في بعض مواد الدستور الإيراني، مستغلين استعمال الفكرة الطائفية وولاية الفقية لنشر أجندتهم في السيطرة على دول المنطقة، مما أدى إلى وضع أذرعة مسلحة لهم في عدد من تلك الدول كميليشيات حزب الله والحوثي والعشرات من الفصائل الإرهابية التي تعمل على نشر الفوضى والعنف وزعزعة الاستقرار بالمنطقة وتهديد المصالح الدولية وخاصة الملاحة في مياه الخليج العربي، وذلك بإشراف من الحرس الثوري الإرهابي والشواهد كثيرة جداً.  لقد أشار ما يسمى مرشد الثورة في خطابه عام 2015 عن البرنامج النووي الإيراني إلى أنه ثمرة التوجيه الإلهي، وأنه لا يوجد أي قوة في الأرض تستطيع أن تمنع تقدم إيران عن امتلاك التقنية النووية، كما ذكرت صحيفة إيران امروز نقلاً عن أمين حزب الله بإيران قوله في خطابه عام 2005: (إننا قادرون على إنتاج قنابل ذرية، ولسوف نفعل)، كما أعلن ما يسمى حجة الإسلام غلام رضا حسني الممثل الشخصي لمرشد الثورة، أن امتلاك السلاح النووي هو إحدى أولويات إيران، علينا أن ننتج القنبلة الذرية إنفاذاً للأمر الإلهي.  وكذلك ما ذكره بعض أبرز منظري النظام الإيراني في موقع روز الإلكتروني القريب من تيار الإصلاحيين، ومفاده (أنه من الطبيعي أن تمتلك الجمهورية الإسلامية السلاح النووي). ولا يقتصر ذلك على التصريحات المشار لبعضها أعلاه بل يشمل ما يقوم به المسؤولون الإيرانيون ويدل على الاستخدامات العسكرية للبرنامج النووي ومنها على سبيل المثال لا الحصر ما أثبتته الصور التي التقطتها الأقمار الصناعية عام 2002 والتي كشفت أن إيران كانت تعمل على بناء منشأة تخصيب سرية، ومصنع للمياه الثقيلة، كما أنهم سبق وأخفوا عن مفتشي الوكالة الدولية للطاقة الذرية أجهزة طرد مركزية في إحدى ضواحي طهران، وهذه الأجهزة تمكنهم من تخصيب اليورانيوم وهو جزء من صناعة القنبلة. وبلا شك أنه في حال اكتمال المشروع النووي الإيراني، فسيؤدي ذلك إلى مخاطر إستراتيجية كبيرة بسبب الاستخدامات العسكرية السرية في هذا البرنامج ولطبيعة إيديولوجية ولاية الفقيه، بالإضافة إلى أن ميليشيات الحرس الثوري والباسيج هما من يتحكمان بملفات التسلح الإيراني وبالملف النووي.