تشكل المناطق المتنازع بين الحكومة العراقية وإقليم كردستان الشمالي أهم محاور الخلاف بين الجانبين منذ 14 عاما، وتبلغ مساحتها نحو 37 ألف كلم مربع. وبين هذه المناطق، شريط يبلغ طوله ألف كلم يمتد من الحدود مع سوريا حتى الحدود الإيرانية. ويقع هذا الشريط جنوب محافظات الإقليم الثلاث أربيل والسليمانية ودهوك، التي تتمتع بحكم ذاتي. وتشمل المناطق المتنازع عليها حيث يعيش قرابة 1,2 مليون كردي، أراض في محافظات نينوى وأربيل وصلاح الدين وديالى ومحافظة كركوك التي تعد أبرز المناطق المتنازع عليها بين بغداد وأربيل. ووفقا للجغرافي الفرنسي المختص بإقليم كردستان سيريل روسل، فإن «المناطق المتنازع عليها تعد المعالم الرئيسية للخلاف بين السلطة المركزية والإقليم الكردي». وكتب عام 2014 مقالا بعنوان، «الحدود التي لايمكن تعقبها»، نشرته مجلة «السياسة الخارجية». وأشار إلى «تساؤلات حول وحدة الأراضي العراقية وقضايا الطاقة والمجتمع وعودة النازحين على خلفية عملية التعريب»، التي قادها الرئيس السابق صدام حسين. يشار إلى وجود أعداد كبيرة من التركمان في المناطق المتنازع عليها وخصوصا في محافظات صلاح الدين وكركوك. وتم تشكيل الإقليم الكردي الذي يتمتع بحكم ذاتي ويبلغ عدد سكانه 5,5 ملايين نسمة، بعد حرب الخليج الأولى عام 1990، وتبلغ مساحته 75 ألف كلم مربع. وتم ترسيخ ذلك دستوريا عام 2005. لكن هذا الأمر لا يعكس الحقيقة التاريخية بالنسبة للأكراد، الذين يؤكدون، أن ثلث الشعب الكردي مستبعد من الإقليم، كما هو الحال مع حقول النفط الواقعة في محافظة كركوك. وسيطرت قوات البشمركة تدريجيا على المناطق المتنازع عليها، مستغلة ضعف القوات المسلحة التي كانت تعيد تشكيل وحداتها إثر قيام الحاكم المدني الأمريكي بول برايمر، بحل الجيش بعد اجتياح العراق عام 2003. وينتشر المقاتلون الأكراد ضمن مساحة 23 ألف كلم مربع من الأراضي، تسعة آلاف منها في محافظة نينوى وستة آلاف و500 في محافظة كركوك و1500 في محافظة صلاح الدين و3500 في ديالى و2500 أخرى في منطقة مخمور، التي يعتبرها الأكراد جزءا من محافظة أربيل، وكانت ملحقة بمحافظة نينوى في تسعينات القرن الماضي. وأشار روسل، إلى أن قوات «البشمركة كانت بالفعل موجودة قبل عام 2014، في المناطق المتنازع عليها بشكل مختلط مع قوات بغداد». لكن في يونيو/ حزيران 2014، انسحبت قوات من الجيش والشرطة العراقية أمام الهجوم الشرس للإرهابيين الذين سيطروا على نحو ثلث مساحة البلاد. وأضاف روسل، أن «انسحاب الجيش العراقي أنذاك سمح للأكراد بالاستفراد بالسيطرة على المناطق التي كانوا فيها».