يُعد مسجد مدينة فقط من أهم مساجد محافظة قنا وأقدمها، حيث أعيد بناؤه فى القرن التاسع عشر، وترجع تلك الأهمية ليس فقط من أجل طرزه المعمارى الفريد ولكن لتاريخه الطويل الذى يعود لعصر الدولة الأيوبية فى القرن الثانى عشر، فقط أنشيء من أجل جماعة من كبار العلماء والحكام الذين تولوا أمور الدولة الأيوبية فى مصر والشام. وتُعد مدينة فقط من أقدم المدن المصرية، وقد أولت الدولة الأيوبية اهتمًا كبيرًا بمدينة فقط وقد قامت بارسال لها الوزراء والقضاة وكبار رجال الدولة ورجال الدين، كما عنيت بإقامة المساجد السنية التى لم يبق منها غير ثلاثة، حيث كانت مركزًا تجاريًا فى الدرجة الأولى من الأهمية، وكانت رأس طريق القوافل التى تخترق الصحراء العربية، بين وادى النيل والبحر الأحمر، وكانت تشتهر بوجود معدن الزمرد، والذى كان يستخرج من الجبل الآخذ على شرقى النيل. ويتكون المسجد من مستطيل يتوسطه صحن مكشوف مربع الشكل تحيط به الأروقة من جميع الجهات، وتتكون الأروقة من بائكة واحدة من الأعمدة الرخامية يعلوها عقود مدببة يحيط بها إطار من الطوب المنحور، على غرار ما اتبع فى مساجد العصر العثمانى لاسيما الموجودة فى الدالتا.أما الضلع الشرقى للمسجد وهو إيوان القبلة فيحتوى على خمسة أروقة، ويتوسط الجدار الشرقى حنية المحراب وعلى يساره يوجد المنبر، وفى الرواق الثالث من إيوان القبلة توجد دكة المبلغ، مما يدل على أنه مسجد جامع، وقد غطى سقف المسجد بالأخشاب، وذلك لأن المنطقة غنية بأخشاب السنط، التى كانت تصدر غلة الفسطاط، كما توجد مئذنة المسجد فى الجهة الغربية منه، وهى تشبه إلى حد كبير مئذنة مسجد «هو»، وصممت المئذنة على طراز مآذن الدولة الأيوبية، وهو ما يؤكد أن المسجد يعود لتلك الفترة التاريخية الهامة، وحينما قامت أسرة محمد على بإعادة بناء المسجد وترميمه حافظت على طراز المئذنة القديمة. وتتكون المئذنة من ثلاث دورات الأولى مثمنة الشكل والدور الثانى مستديرة، ويفصل بينها وبين الدور الأول شرفة خشبية، أما الدور الثالث قد تعرضت شرفتها للسقوط، فكانت مثمنة الشكل، وفتح فى كل ضلع منها فتحة معقودة، ويعلو ذلك قبيبة صغيرة مخوصة. وكان المسجد يقع فى طريق الحج ولهذا السبب قامت أسرة محمد على فى إعادة بنائه وترميمه والاهتمام به، وذلك لوقوعه فى طريق القوافل الذاهبة والآتية من الجح، كما كان يتوافد على المسجد العديد من العلماء، ومنهم إبراهيم بن أبى المكارم، والشيخ ابن يوسف بن ابراهيم، والشيخ إسماعيل بن محمد بن أحمد أبى النصر، وعلى بن يوسف بن إبراهيم بن عبد الواحد الشيبانى.