أبدى تقرير ديوان الرقابة ملاحظات على وزارة الصحة حول المتأخرات المستحقة للوزارة عن رسوم الرعاية الصحية الأساسية حيث لفت التقرير إلى أنه لوحظ تراكم الذمم المدينة المستحقة للوزارة عن رسوم الرعاية الصحية وزيادة رصيدها بشكل سنوي حيث ارتفع رصيدها من 6.5 مليون دينار في نهاية 2010 إلى 17 مليون دينار في 9 مارس 2015 أي بزيادة بلغت 161%. وفيما يتعلق بانظمة الرقابة على الفواتير وإيصالات الاستلام فقد ذكر التقرير وجود نقاط ضعف جوهرية في هذا النظام الموجود بحيث يقبل النظام الآلي إلغاء وتعديل مبالغ الفواتير وعدد عمال المنشآت وكذلك إلغاء إيصالات الاستلام بمجرد إجرائها من قبل أي من الموظفين المخولين بذلك دون مراجعة واعتماد من قبل مستوى وظيفي أعلى من الموظف الذي أجرى التعديل مع عدم الاحتفاظ بأية مستندات تؤيد صحة وشرعية تلك التعديلات. وأكد الديوان على أنه تبين من خلال تحليل البيانات النظام وجود 82875 تعديل تم إجراؤه على 9932 فاتورة خلال الفترة من يناير 2012 إلى 14 مايو 2015 تم بموجبها خصم مبالغ من الفواتير بلغ مجموعها 1.68 مليون دينار (مبالغ دائنة) وإضافة ما مجموعه 630 ألف دينار (مبالغ دائنة) ولم يستطع مدققو الديوان التحقق من مدى صحة وشرعية خصم وإضافة تلك المبالغ نظرا لعدم وجود أية مستندات مؤيدة لها. وبين التقرير فقدان 4130 فاتورة من الفواتير التي أصدرها النظام ولا يوجد بالنظام أي مرجع لتلك الفواتير يوضح بياناتها وسبب فقدها وقد أرجع المعنيون بالوزارة سبب فقد 3321 فاتورة من تلك الفواتير إلى آلية النظام الآلي الذي يقوم بشطب الفواتير التي يتم تحويلها إلى القضاء وتعويضها بفواتير أخرى تأخذ أرقاما تسلسلية جديدة تحت مسمى الفواتير القانونية دون ان تقدم الوزارة المستندات المؤيدة لذلك أما بقية الفواتير البالغ عددها 809 فاتورة فلم تبين الوزارة مبررات فقدها.